Практикум 5

Материал

Я отобрал 8 белков из генома Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114), которые участвуют в синтезе пурина.
Вся информация о использованных белках представлена ниже в табице. Для каждого гена я взял upstream - последовательности
длиной 100 пн. Файл в fasta - формате находится здесь

Идентификатор	Мнемоника	Название белка	Ген	Координаты гена	Координаты Upstream-региона
Q5E4R4	PURT_VIBF1	Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	purT VF_1487	1645646..1646821	1645546..1645645
Q5E749	PUR4_VIBF1	Phosphoribosylformylglycinamidine synthase	purL VF_0652/td>	713169..717080	713069..713168
Q5E2D3	PURA_VIBF1	Adenylosuccinate synthetase	purA VF_2318	complement(2605159..2606475)	complement(2606476..2606575)
Q5E3Y1	FOLD_VIBF1	Bifunctional protein FolD	folD VF_1770	1996663..1997520	1996563..1996662
Q5E1R3	PURK_VIBF1	N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase	purK VF_2538	2858728..2859840	2858628..2858727
Q5E763	GUAA_VIBF1	GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]	guaA VF_0638	695666..697219	695566..695665
Q5E257	PUR9_VIBF1	Bifunctional purine biosynthesis protein PurH	purH VF_2394	2680963..2682555	2680863..2680962
Q5E4H9	PURR_VIBF1	HTH-type transcriptional repressor PurR	purR VF_1572	1760966..1761979	1760866..1760965
Q5E3H3	PUR5_VIBF1	Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	purM VF_1928	2157140..2158180	2157040..2157139

Анализ результатов поиска мотивов

Для поиска мотивов я использовал программу MEME, расположенную на сервере Kodomo. Для запуска MEME я использовал следующую команду:

ememe ups_all.fasta meme -nmotifs 3 -revcomp

Номер мотива	Лого	Число генов	E-value
1		3	1.3e+000
2		2	1.3e+000
3		5	5.2e+003

Найденные мотивы нельзя назвать достоверными. Наименьшее e-value первого мотива и равна 1,3. Кроме того,
мотивы находились в небольшом числе генов. Длина слов также была маленькой -- 14, 8 и 12 нуклеотидов.