Практикум 6

PSI-BLAST

При помощи PSI-BLAST было найдено семейство белка P17265. Для вычленения семейства потребовалось 4 итерации. Результаты поиска представлены в таблице ниже.

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	17	P0A147.1	7e-04	P26983.1	0.027
2	27	P33987.1	1e-08	P9WMA8.1	0.015
3	28	P9WMA8.1	0.002	Q6P9R4.2	0.028
4	28	P24694.1	3e-18	P27321.3	0.22

Prosite

Для уточнения паттерна PS01199 семейства белков Ribosomal protein L1, я взял 8 последовательностей белка RL1 из практикума 2.
Паттерн PS01199 для всех организмов записывается следующим образом:

[IMGV]-x(2)-[LIVA]-x(2,3)-[LIVMY]-[GAS]-x(2)-[LMSF]-[GSNH]-[PTKR]-[KRAVG]-[GN]-x-[LIMF]-P-[DENSTKQPRAGVI]

Последовательность паттерна для бактерий на основе 8 видов:

[M-[RP]-[VL]-V-G-[QR]-L-G-[QTK]-[IV]-L-G-P-R-G-L-M-P-N

В результате, из 427 последовательностей бактериального RL1, паттерн был найден в 149. Не было выявлено ни одной ложной находки.