С помощью фильтров было выбрано семейство SH3_6 (тип SH3b1).
AC/Pfam | PF12913 |
InterPro | IPR039439 |
ID/Pfam | SH3 domain (SH3b1 type) |
seed | 33 |
full | 435 |
all | 3k |
sw | 0 |
architectures | 30 |
3D | 2 |
taxonomy | 3k |
#eukaryota | 2 |
#archaea | 2 |
#bacteria | 2841 |
#unclassified entries | 24 |
Про доменные архитектуры: исследуемый домен является стабилизирующим доменом, входящим в четырехдоменную структуру эндопептидазы (PDB:3m1u), за ним следует домен SH3b2, а С-концевой домен представляет собой каталитический домен цистеинпептидазного типа (последний присутствует почти во всех архитектурах).
Про функции домена: домен SH3 опосредует разнообразные белок-белковые взаимодействия связываясь с богатыми пролином мотивами (PRM), а поскольку определенные взаимодействия между SH3-доменом и PRMs являются фундаментальными для сборки мультипротеиновых комплексов, разумно предположить, что содержащие домен SH3 белки вовлечены в широкий спектр клеточных процессов [1].
Таксономическая распрастраненность: Домен распространен почти исключительно среди бактерий. Большая часть всех бактерий входят в кладу Proteobacteria (1k). Как раз-таки исключениями являются 2 представителя клады Fungi, имеющие данный домен, а также две археи.
Пространственная структура:Домен SH3 состоит из 5-6 антипараллельных бета-листов, разположенных бочкообразно (рис.1).
Для проведения выравнивания seed было проведено скачивание gz-файла, разархивация и переформатирование посредством BASH. Анализ в программе Jalview показал, что абсолютно консервативных позиций нет. Соответственно, выделить максимальные достоверные блоки, включающие все последовательности, не представляется возможным. Однако, чтобы увидеть наиболее консервативные позиции было проведено поэтапное изменение порога идентичности до 80% с шагом в 1%. Результаты отображены в табл. 2.
Identity | Позиции ак |
96% | 51 |
93% | 16, 28, 40, 51 |
87% | 16, 28, 33, 40, 51 |
84% | 3, 16, 28, 33, 40, 51 |
81% | 3, 15, 16, 19, 28, 33, 40, 50, 51 |
Для более полного представления консервативности участков было рассмотренно выравнивание при identity = 65%. Результаты представленны на изображении выше.
Интересное замечание: самые консервативные позиции принадлежат аминокислоте Pro, что в свою очередь обусловлено его пространственной "неподвижностью" в сравнение с остальными аминокислотами.
Выравнивание seed | 33 |
Максимальный достоверные блоки, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | - |
100% консервативные колонки в МДБ-all | 0 |
Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | 12-16 |
100% консервативные колонки в МДБ-notAll* | 12, 14, 15, 16 |
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 44-49 |
* Также по позиции 13 можно выделить два максимальных достоверных блока с абсолютно консервативными позициями (отдельное окно в проекте Jalview).
Доменная архитектура Q8P4A4 имеет в своем составе домены SH3_6 и NLPC_P60, а Q142N3, в свою очередь, SH3_6, SH3_7 и NLPC_P60. Полученное выравнивание имеет E-value 3e-23, Per.Ident 28.53%. Исходя из этих данных и графика, можно сделать вывод, что выравнивание данных последовательностей имеет много гэпов, короткие участки локального сходства по всей длине.
Источники: