Практикум 3: структура белка BtSCoV-Rf1.2004 PLpro

pdb_id: 7SKR

Структура в целом

Макромолекула представляет собой белок. В структуре одна полимерная цепь, разделенная на четыре домена. Биологическая единица представляет собой гомодимер, в ассиметрической единице одна полимерная цепь.

BtSCoV-Rf1.2004 PLpro состоит из четырех доменов: palm, zinc finger, thumb входят в состав каталитического ядра (от C-конца), Ubl-домен на N-конце [1].

Рис. 1
Рис. 1. Общий вид структуры (малые молекулы не показаны)
Рис. 2
Рис. 2. Биологическая единица - гомодимер (малые молкулы не показаны)

Полимерная цепь

Белок относится к штамму вируса Bat SARS CoV Rf1/2004. В базе UniProt белок имеет uniprot_id: Q0QDZ2_SARS, имеет общее название p1a, катализирует тиолзависимую реакцию гидролиза сложноэфирных, тиоэфирных, амидных, пептидных и изопептидных связей, образованных C-концевым Gly убиквитина. Относительно референса из Uniprot в последовательности нет мутаций, однако есть модифицированный аминокислотный остаток из цистеина на позиции 115 - цистеинсульфоновая кслота (OCS) (рис. 3).

Рис. 3
Рис. 3. Селеносульфоновая кислота, модифицированная из цистеина

Вторичная структура представлена альфа-спиралями и бета-листами. Заметим, что домен thumb состоит из альфа-спиралей, а домен palm из бета-листов [1].

Рис. 4
Рис. 4. Вторичная структура BtSCoV-Rf1.2004 PLpro

Малые молекулы

Структура белка Bat SARS CoV Rf1/2004 получена методом X-ray diffraction, в ходе которого была кристализована вместе с исследуемым в оригинальной статье ингибитором 9OZ, поэтому рассмотрим его.

Рис. 5
Рис. 5. Белковое окружение ингибитора 9OZ на расстоянии 5 ангстрем

Источники:

  1. Exploring noncovalent protease inhibitors for the treatment of SARS and SARS-like coronaviruses