Практикум 5: ферментативная активность белка BtSCoV-Rf1.2004 PLpro

Исследуемый фермент, папаин-подобная протеаза, проявляет деубиквитинирующую активность за счет тиолзависимого гидролиза изопептидных связей, образованных С-концом убиквитина (EC 3.4.19.12).

Рис.1
Рис. 1. Промежуточный продукт, образующийся при образовании комплекса PLpro–Ubal в реакции, катализируемой PLpro [1]

В аннотации последовательности на сайте PDB не указаны аминокислотные остатки, входящие в состав каталитического центра, только сайты связывания, причем для всех типов лигандов, а также позиции последовательности, участвующие в координации Zn.
Анализ окружения лиганда показал, что водородными связями стабилизирован только N2 с Asp-165. Можно предположить, что данный аминокислотный остаток является каталитически активным, ссылась на "классическую триаду" пептидазного клана CA, к которму относится SARS-CoV PLpro [1]. Рядом расположен ион цинка. Взаимодействия в каталитическом центре: Asp-165 и Tyr-274. Расстояние между ингибитором и каталитическим центром составляет 3.1 А.
Т. к. количество информации об активном центре в аннотациии весьма скудно, на этом анализ каталитического центра заканчивается.

Рис.2
Рис. 2. Взаимодействие Asp-165 с N2 лиганда

Рис.3
Рис. 3. Взаимодействие Asp-165 с Tyr-274

Рис.4
Рис. 4. Положение каталитического центра в белке (домен palm, см. практикум 3)

Источники:

  1. The SARS-coronavirus papain-like protease: Structure, function and inhibition by designed antiviral compounds