Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Epoxyqueuosine reductase | QUEG_BACSU | QUEG_ECOLI | 457.0 | 26.1% | 44.9% | 85 | 13 |
| Probable fructose-bisphosphate aldolase | ALF_BACSU | ALF_ECOLI | 279.0 | 25.3% | 41.0% | 98 | 15 |
| Adenine phosphoribosyltransferase | APT_BACSU | APT_ECOLI | 441.5 | 50.3% | 61.2% | 13 | 3 |
Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Epoxyqueuosine reductase | QUEG_BACSU | QUEG_ECOLI | 465.0 | 27.3% | 46.9% | 71 | 11 | 97,9% | 96,4% |
| Probable fructose-bisphosphate aldolase | ALF_BACSU | ALF_ECOLI | 289.0 | 27.5% | 43.2% | 78 | 13 | 89.1% | 88.0% |
| Adenine phosphoribosyltransferase | APT_BACSU | APT_ECOLI | 450.0 | 56.2% | 66.7% | 0 | 0 | 94.2% | 88.5% |
Таблица 3. Характеристики непарного выравнивания пары белков
| Alignment algorithm | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| needle | QUEG_BACSU | APT_BACSU | 39.5 | 7.8% | 15.3% | 318 | 12 | - | |
| water | 49.0 | 18.2% | 37.7% | 50 | 8 | 38.3% | 64.7% | ||
1 - QUEG_BACSU - 386ak
2 - APT_BACSU - 170ak
Длина неродственых белков сильно отличается, в результате чего покрытия сильно отличаются друг от друга. Так как белок APT короче, покрытие у такого белка выше, чем у QUEG. На глобальном выравнивание наблюдается большое колличество гепов и низкий вес - показатели неродственности белков. В данном случае локальное выравнивание непоказательное, так как в выравнивание задействовано крайне мало аминокислот (154).
Мнемоника: ALF_ECOLI. Название белка: Fructose-bisphosphate aldolase class 2. Нашлось 153 референсных белка. Поиск проводился с помощью поискового запроса на UniProt: alf AND (reviewed:true). Выбранные белки преведены в выравневание. Консервативных участков мало, они короткие: 1, 4, 37, 43, 52, 54, 56-57, 96, 103, 130, 164, 203, 212, 218, 220, 227, 232, 255-256, 262, 289-290, 293, 301, 315, 317, 342, 394, 402-403, 407, 436, 453, 459, 481.