EMBOSS
Отредактировано 10/05/13
Описание команды infoseq
EMBOSS(European Molecular Biology Open Software Suite) – это программное обеспечение, которое было разработано специально для работ в области биоинформатики.
Infoseq – одна из команд пакета EMBOSS, функцией которой является просмотр основной информации о последовательности.
Таблица 1
Описание параметров и опций команды Infoseq
| Параметр или опция | Описание | Пример | Результат |
| - help | Выводит в диалоговое окно информацию о возможностях команды infoseq | infoseq -help | Файл с результатом |
| -outfile | Перенаправляет результат в файл | infoseq sw: TENI_BACSU -only -outfile | |
| -only | Выводит только тот параметр, который идет после -only | infoseq sw: TENI_BACSU -only -name | Name TENI_BACSU |
| -usa | Выводит адрес последовательности в банке данных Uniform Sequence Address | infoseq sw: TENI_BACSU -only -usa | sw-id: TENI_BACSU |
| -accession | Отображает код доступа последовательности | infoseq sw: TENI_BACSU -only -accession | Accession P25053 |
| -type | Выводит тип белка | infoseq sw: TENI_BACSU -only -type | Type P |
| -name | Выводит название белка | infoseq sw: TENI_BACSU -only -name | Name TENI_BACSU |
| -length | Выводит количество аминокислотных остатков в последовательности | infoseq sw: TENI_BACSU -only -length | Length 205 |
| -organism | Выводит название организма, в котором есть белок | infoseq sw: TENI_BACSU -only -organism | Organism Bacillus subtilis |
| -heading | Выводит названия | infoseq sw: TENI_BACSU -heading | Файл с результатом |
| -description | Выводит описание белка | infoseq sw: TENI_BACSU -only -description | Description Regulatory protein TenI |
| -database | Выводит название банка данных, в котором находится информация о белке | infoseq sw: TENI_BACSU -only -database | Database sw |
| -no | Выводит всю информацию по умолчанию, кроме того параметра, к которому приписано no | infoseq sw: TENI_BACSU -noname | sw-id: TENI_BACSU Database sw Name TENI_BACSU Accession P25053 Type P Length 205 Organism Bacillus subtilis Description Regulatory protein TenI |
© Малеева Александра