UNIPROT – это открытая база данных, в которой содержится большой объем информации о последовательностях белков и их биологических функциях.
1. Сравнение описания белка TENI_BACSU с описанием того же белка из геномов двух других представителей рода Bacillus
Те же белки, но из генома других представителей рода называются ортологами.
С помощью пакета EMBOSS и базы UINIPROT можно получить описательную информацию белка и его ортологов.
Поиск ортологов производился в ProteinKnowledgebase (UniProtKB). С помощью запроса taxonomy:Bacillus AND name:TENI был найден 71 результат. Для сравнения использовались находки из полностью секвенированных геномов. Таких находок 20, из которых только одна запись (описание исходного белка) принадлежит банку SwissProt. Это обусловлено более строгой и тщательной ручной проверкой записей в банке SwissProt.
В таблице видны некоторые различия белка и его ортологов. Например, белки могут быть обнаружены в разных организмах (что, конечно же, не удивительно).
Белки кодируются одним геном, но разными его локусами.
Для найденных ортологов нет идентификаторов в базе PDB.
2. Некоторая информация о белке TENI_BACSU
1. В пакете EMBOSS есть программа seqret, которая читает последовательность и выводит искомую с помощью заданных параметров часть этой последовательности.
Таблица 2
| Искомый участок | Команда | Результат |
| Последовательность 2 альфа-спирали | seqret sw:TENI_BACSU stdout -sbegin 28 -send 32 | DFIHI |
| Последовательность 3 бета-листа | seqret sw:TENI_BACSU stdout -sbegin 39 -send 51 | AADILKLLDLIFE |
2. Подавляющее большинство белков начинаются с метионина, потому что инициация синтеза последовательности начинается с триплета АУГ, который кодирует именно эту аминокислоту. Белок TENI_BACSU не является исключением. Его последовательность начинается с метионина. После биосинтеза в процессе созревания белка Met удаляется.
3. Белок локализован в ядре. Для изменения его локализации надо мутировать активный центр белка, что приведет к потере его основной функции (снижает стимулирующее действие транскрипционного активатора TenA производства внеклеточных ферментов).