Содержит ли Swissprot послание инопланетян…
Для определения используем слово, состоящее литер, обозначающих аминокислоты:
[D] – Asp (аспарагиновая кислота);
[E] – Glu (глутаминовая кислота);
[A] – Ala (аланин);
[T] – Thr (треонин);
[H] – His (гистидин).
Рассчитаем теоретическую вероятность встречаемости рассматриваемого слова в Swissprot:
где 191670831 – количество всех аминокислотных остатков, из которых могут быть составлены последовательности банка данных, а однобуквенные названия аминокислот обозначают их встречаемость в Swissprot.
Экспериментально число встреч слова в банке можно определить с помощью сервиса PROSITE. Слово будет искаться как паттерн – запись, которая отражает, какие аминокислоты должны быть в белковой последовательности. Созданы такие записи на основе множественного выравнивания уже найденных гомологов.
Итог поиска: мотив найден в 69 последовательностях.
Поиск показал, что экспериментальная вероятность встречаемости паттерна меньше, чем теоретическая. Это следствие расположения аминокислот в паттерне. Сначала идут две заряженные (кислые) аминокислоты, затем аминокислота с алифатическим радикалом, далее расположена нейтральная аминокислота, и замыкает паттерн заряженная (основная) аминокислота. Вероятность нахождения такого сочетания в природе меньше, чем рассчитанная теоретическая вероятность.
Нахождение вероятных гомологов белка TENI_BACSU в банке Swissprot с помощью паттернов
Паттерны можно условно разделить на «сильные» и «слабые». Деление основано на том, какое количество последовательностей будет найдено и какова их гомологичность.
«Сильный» паттерн содержит много условий поиска. Он будет находить гомологические последовательности с большей долей уверенности. При этом некоторые из гомологов.
«Слабый» паттерн содержит мало условий поиска. Соответственно, он будет находить много последовательностей, но с меньшей уверенностью в гомологи.
Таблица 1
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swissprot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности выравнивания найдены? |
| Сильные | [MYL]-x(5)-[LVT]-[HY]-[ALV]-[IV]-[TVI]-x(2)-[D>] | 69 | 5 |
| Слабые | [GR]-[VI]-H-[LVI]-[GARP]-x(4)-[PDRS]-x(3)-[AIV]-R-x(1)-[ILRQ] | 101 | Все |
Таблица 2
| Идентифи-катор документа Prosite (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (если это паттерн) | Специ-фична ли подпись | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Casein kinase II phosphorylation site | паттерн | [ST]-x(2)-[DE] | нет | 3 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Protein kinase C phosphorylation site | паттерн | [ST]-x-[RK] | нет | 2 |
| PS00008 | MYRISTYL | N-myristoylation site | паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} | нет | 1 |
| PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site | паттерн | [RK](2)-x-[ST] | нет | 1 |
| PS00007 | TYR_PHOSPHO_SITE | Tyrosine kinase phosphorylation site | паттерн | [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y | нет | 1 |