Онлайн BLAST
Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности
Для поиска организма по фрагменту нуклеотидной последовательности можно использовать программу megablast на сайте NCBI, выбрав nucleotide blast.
С помощью данной программы для заданного 300-нуклеотидного фрагмента были получены следующие данные:
- организм: Candidatus Sulcia muelleri CARI
- АС записи RefSeq: NC_014499.1
- координаты фрагмента в записи: 1145-1444
Участок является некодирующим.
Поиск гомолога белка человека в слоне
С помощью команды EMBOSS infoseq sw:m*_human -only -name -desc -out file_allproteins.txt можно получить список всех белков, которые начинаются на букву m. Для работы был выбран белок MOAP1_HUMAN. Этот белок является модулятором апоптоза 1 (МАР-1), паранеопластическим антигеном МА4. Команда seqret sw:moap1_human -auto помогает получить файл moap1_human.fasta с последовательностью рассматриваемого белка в fasta-формате.
На сайте ENA можно провести поиск гомологичных белков в геноме африканского слона (лат. Loxodonta africana).
Были получены 2 результата.
Таблица 1
| Е-value | Длина выравнивания | Identity выравнивания | Координаты найденного гена в геноме слона | Количество интронов |
| 2E-16 | 125 | 37% | 5797324<-5796950(обратная цепь) | нет |
Для бактерии Verminephrobacter_eiseniae была выбрана тРНК аспарагиновой кислоты.
Были проведены поиски гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к тому же порядку Burkholderiales.
Таблица 2
| Параметр сравнения | Megablast | Blastn с параметрами по умолчанию | Blastn с длиной "слова" 7, match/mismatch = 1/-1 |
| Количество результатов с e-value <0,001 | 118 | 382 | 226 |
Сравнивая полученные результаты, можно сказать, что поиск с помощью megablast находит только самые близкие гомологи, а поиск с помощью программы blastn охватывает записи для большего числа бактерий из рассматриваемого порядка. Стоит отметить, что и megablast, и blastn ищут записи, которые являются полными геномами бактерий. Если задавать для поиска менее ограничительные параметры, то получим много результатов со случайным совпадением последовательностей.
Гомологи, найденные с помощью megablast, относятся к 2 семействам и 8 различным родам. Гомологи, найденные с помощью blastn, относятся к 4 семействам и 16 различным родам. Наблюдаемые различия можно объяснить более широким поиском с помощью алгоритма blastn.