Геномные браузеры
Для работы был выбран белок MOAP1_HUMAN. Этот белок является модулятором апоптоза 1 (МАР-1), паранеопластическим антигеном МА4.
- короткое имя гена: MOAP1_HUMAN
- полное имя гена: Homo sapiens modulator of apoptosis 1
- на какой цепи он закодирован: -
- в какой хромосоме находится: 14
- к каким плечу и полосе принадлежит участок: q32.12
- координаты гена в последовательности хромосомы: chr14:93,648,541-93,651,249
- количество альтернативных продуктов закодировано в гене: 1
- число экзонов: 16
- число экзонов и длина аминокислотной последовательности для продуктов:625
Рис.1 Гены USCS и RefSeq
Рис.2 Метилирование ДНК
Рис.3 Консервативность последовательности среди млекопитающих
Рис.4 Полиморфизмы
Изучаемый ген был найден в поиске Ensembl. Далее было произведено выравнивание с гомологичным геном шимпанзе: aligment.fasta и aligment.clustal это выравнивание…ео надо на отдельную страничку.
Число полиморфизмов: 2070.
Число различий, равное , было получено с помощью команды dismat пакета EMBOSS. Программа выдает таблицу, в которой отражено эволюционное расстояние для пары последовательностей:
1 2 0.00 1.21 homo_sapiens_1-19966_ 1 0.00 pan_troglodytes_1-19966_ 2
Из этой таблицы видно, что число различий – 1.21. Это значит, что примерно на сто нуклеотидов встречается 1 различие.
Сравнение числа различий и числа часто встречающихся полиморфизмов можно провести следующим образом. Рассчитаем длину гена: 40337346 – 40357234 = 19888. Тогда число отличий между шимпанзе и человеком можно найти как: (19888*1.21)/100 = 240.64.
Очевидно, что это число намного меньше, чем число полиморфизмов для разных людей. Соответственно, можно сделать вывод, что геномы шимпанзе и человека близки, у двух людей с максимально возможным несовпадением в этом гене различия больше, чем для шимпанзе и человека. Кроме того, ген данного белка достаточно сильно подвержен полиморфизму.