Профили
Из семейства Pfam было выделено подсемейство семейства PF00134 из белков таксона M (Metazoa) с доменной архитектурой 2".
Были получены выровненные последовательности.
С помощью программ hmm2build и hmm2calibrate был получен и откалиброван профиль
Из таблицы взяли идентификаторы всех белков, имеющих изучаемый домен.
Программой hmm2search был проведен поиск откалиброванным профилем по всем белкам Uniprot, включающим хотя бы один домен вашего семейства (результаты).
В таблице приведен "Gold standard" - список белков, включащих домен из подсемейства (то есть белков с заданной архитектурой и из заданного таксона. Характеристики работы профиля приведены там же).
В таблице, приведенной ниже жирным шрифтом выделены наилучший порог E-value, соответствующие ему чувствительность (R) и избирательность (PPV)
Поиск порога E-value
| e-value | TP | TN | FP | FN | R | PPV | 2.2e-75 | 23 | 103 | 61 | 0 | 1 | 0,273 | 3.9e-119 | 22 | 159 | 5 | 1 | 0,957 | 0,815 | 4e-179 | 21 | 163 | 1 | 2 | 0,913 | 0,955 | 7e-196 | 17 | 163 | 1 | 6 | 0,739 | 0,944 | 9.3e-204 | 11 | 164 | 0 | 12 | 0,478 | 1 |