Функциональная роль гена в подсистеме
Информация о белке:
- Идентификатор в UniProt: S0A843
- Название: Sec-independent protein translocase protein TatB
- Кодирующий ген: tatB
- Организм: Serratia plymuthica
Белок относится к Twin-arginine translocation (Tat) system (Система Tat-транслоказы).
Tat-система относится к одной из бактериальных секреторных систем (Рис.1). Бактерии секретируют широкий спектр белков, функции которых включают биогенез органелл, таких как пилли и жгутики, получение питательных веществ, вирулентность, экспорт токсинов и др. Было показано, что существуют шесть различных систем секреции белка с помощью внутренних и наружных мембран. грам-отрицательных бактерий. Эти пути являются высоко консервативными у грамотрицательных бактерий. У грамположительных бактерий перемещение секретируемых белков, как правило, осуществляется вдоль одной мембраны по Sec –пути или по Tat-пути.
Tat-система экспорта белка отличается необычным свойством транспортировки полностью свернутых белков. Таким образом эта система обеспечивает достаточно обширный путь, который позволяет проходить структурированным макромолекулярным субстратам различных размеров, поддерживая при этом непроницаемость мембраны к ионам. Такая задача достигается благодаря белкам TatA, TatB (исследуемый белок S0A843), TatC, TatE, которые входят в состав Tat-системы (на Рис.1 выделены красной рамкой).
Расшифровка терминов базы данных GeneOntology
Данные о белке S0A843
| Идентификатор GO | Название на английском языке | Название на русском языке | Термин GO | Расшифровка | Описание |
| GO:0006810 | transport | Транспорт | P | Биологический процесс | Направленное перемещение веществ (макромолекул, ионов) внутрь клетки и наружу |
| GO:0009306 | protein secretion | Секреция белков | P | Биологический процесс | Контролируемое высвобождение белков тз клетки |
| GO:0043953 | protein transport by the Tat complex | Транспорт белков ТАТ-комплексом | P | Биологический процесс | Транспорт полностью свернутых белков через итоплазматическую мембрану и мембраны органелл бактерии |
| GO:0008320 | protein transmembrane transporter activity | Трансмембранный белок транспорта | F | Функция | Катализ передачи белка с одной стороны мембраны на другую |
| GO:0005887 | integral component of plasma membrane | Встроенный компонент плазмалеммы | C | Компонент клетки | Проникает по крайней мере в один бислой мембраны |
| GO:0016021 | integral component of membrane | Трансмембранный (встроенный в мембрану) | C | Компонент клетки | Проникает по крайней мере в один бислой мембраны |
| GO:0033281 | TAT protein transport complex | Белковый транспортный TAT-комплекс | C | Компонент клетки | Комплекс из трех белков, встроенных в цитоплазматичсекую мембрану и органеллы (хлоропласты и митохондрии) бактрерии, которые участвуют в транспорте свернутых белков |
Функциональная роль белка в системе
Изучаемый белок TatB (S0A843) играет важную роль в работе ТАТ-комплекса. TatB способен образовывать олигомерные сайты связывания для временного размещения белки-предшественники при формировании всего комплеса [1]. Таким образом он создает «каркас», на котором TatС собирается в мембране. Исследования показали, что этот процесс имеет решающее значение для сборки всего ТАТ-компслеса, а следовательно, для работы всей системы [2].
Согласно исследованиям TatB чаще всего встречается в мембране один раз [3]. Вместе с TatC, ТatB является частью рецептора, непосредственно взаимодействующего с сигнальной для ТАТ-системы частью белка [1].
Данная информация была получена из следующих источников:
Колокализация генов
С помощью базы данных SEED методом blastp againts complete genome были найдены ортологи изучаемого белка TatB (Рис.2)
Параметры отбора ортологов:
- Регион: ±15000 оснований
- Evalue cutoff : 1e-6
Были также получены белковое выравнивание и таблица всех генов окрестностей, на основе которой была получена сводная таблица (см. файл) и получены результаты (названия белков, встречаемость в организмах, номер подсистемы).
Выводы
На карте (Рис. 2) белок TatB обозначен цифрой 1 и показан как стрелка красного цвета. В Serratia proteamacula небольшой окрестности от него есть гены TatC (цифра 2, зелёная стрелка), TacD (цифра 5, жёлтая стрелка), TatA (цифра 7, фиолетовая стрелка). Их продукты которых составляют основу Tat-транслоказы. В изучаемой бактерии и близких ей видах близко расположены гены, отвечающие за биосинтез убихинона: монооксигеназы UbiB (цифра 3метилтрансферазы UbiE (цифра 4), белка YigP (цифра 6). Если рассмотреть более далёкие виды, то можно предположить, что только 2 гена колокализованы с изучаемым (например, окрестность для ортолога гена в Binetobacter avium 197N): это TatA (серая стрелка рядом с геном TatB) и TatC. По данным SEED эти три гена отнесены к Twin-arginine translocation system.