Консервативные аминокислотные остатки в выборке потенциальных ортологов белка ADPP_ECOLI

Матрица попарного сходства

ADPP_ECOLI ADPP_HAEIN ADPP_BACSU ADPP_YEAST NUD14_HUMAN ADPP_ECOLI 100% ADPP_HAEIN 49% 100% ADPP_BACSU 21% 25% 100% ADPP_YEAST 14% 13% 14% 100% NUD14_HUMAN 16% 19% 14% 10% 100%
* NUD14_HUMAN- Этот белок был выбран , как наиболее предпочтительный (Identity=31% - больше, чем в среднем у ортологов моего белка), так же был проведен поиск в srs(по полному названию(ADP-ribose pyrophosphatase) моего белка), в котором был найден белок NUD14_HUMAN .
Множественное выравнивание
Выполнено программой ClastalW

* 2 0 * 4 0 * 6 0 * 8 0

A D P P _ E C O L I : - - - - - - - - - - - - - - - - - - M L K P D N L P V T F G K N D V E I I A R E T L Y R G F F S L D L Y R F R H R L F N G Q M S H E V R R E I F E R G H A A V L L P F : 6 5

A D P P _ H A E I N : - - - - - - - - - - - - - - - M Q F W R K Q M S E I Q H F S Q Q D I E I L G E Q T L Y E G F F T L K R I Q F K H K L F A G G Q S G V V T R E L L I K G A A S A V I A Y : 6 8

A D P P _ B A C S U : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K S L E E K T I A K E Q I F S G K V I D L Y V E D V E L P N G K A S K R E I V K H P G A V A V L A V : 5 1

A D P P _ Y E A S T : M F L R N V R V I S L N S R R L F R T M S T V K G K P E D A K I I E A R H V K E T S D C K W I G L Q K I I Y K D P N G K E R E W D S A V R T T R S S G G V D G I G I L : 8 3

N U D 1 4 _ H U M A : - - - - - - - - - - - - M E R I E G A S V G R C A A S P Y L R P L T L H Y R Q N G A Q K S W D F M K T H D S V T V L L F N S S R R S L V L V K Q F R P A V Y A G E V E : 7 1

r

* 1 0 0 * 1 2 0 * 1 4 0 * 1 6 0

A D P P _ E C O L I : D P V R D E V V L I E Q I R I A A Y D T S E T - - - P W L L E M V A G M I E E - G E S V E D V A R R E A I E E A G L I V K - - R T K P V L S F L A S P G G T S E R S S : 1 4 2

A D P P _ H A E I N : D P K E D S V I L V E Q V R I G A A Y H P E S H R S P W L L E L I A G M V E K - G E K P E D V A L R E S E E E A G I Q V K - - N L T H C L S V W D S P G G I V E R I H : 1 4 8

A D P P _ B A C S U : T D - E G K I I M V K Q F R K P L E R - - - - - - - - T I V E I P A G K L E K - G E E P E Y T A L R E L E E E T G Y T A K - - K L T K I T A F Y T S P G F A D E I V H : 1 2 2

A D P P _ Y E A S T : T I L K Y K D G K P D E I L L Q K Q F R P P V E G - - V C I E M P A G L I D A - G E D I D T A A L R E L K E E T G Y S G K - - I I S K S P T V F N D P G F T N T N L C : 1 6 1

N U D 1 4 _ H U M A : R R F P G S L A A V D Q D G P R E L Q P A L P G S A G V T V E L C A G L V D Q P G L S L E E V A C K E A W E E C G Y H L A P S D L R R V A T Y W S G V G L T G S R Q T : 1 5 4

q E A G G e e A r E E E G k p G

* 1 8 0 * 2 0 0 * 2 2 0 *

A D P P _ E C O L I : I M V G E V D A T T A S G - I H G L A D E N E D I R V H V V S R E Q A Y Q W V E E G K I D N A A S V I A L Q W L Q L H H Q A L K N E W A - - - : 2 0 9

A D P P _ H A E I N : L F A G E V D S A Q A K G - I H G L A E E N E D I K V H V V K R E Q A Y Q W M C E G K I D N G I A V I G L Q W L Q L N Y A Q L Q Q S W K R S - : 2 1 7

A D P P _ B A C S U : V F L A E E L S V L E E - - - K R E L D E D E F V E V M E V T L E D A L K L V E S R E V Y D A K T A Y A I Q Y L Q L K E A L Q A Q K - - - - - : 1 8 5

A D P P _ Y E A S T : L V T V E V D M S L P E N - Q K P V T Q L E D N E F I E C F S V E L H K F P D E M V K L D Q Q G Y K L D A R V Q N V A Q G I L M A K Q Y H I K : 2 3 1

N U D 1 4 _ H U M A : M F Y T E V T D A Q R S G P G G G L V E E G E L I E V V H L P L E G A Q A F A D D P D I P K T L G V I F G V S W F L S Q V A P N L D L Q - - - : 2 2 2

E v e e v E a l

Черный- 100%-ая консервативность
Серый- консервативность не менее 80%
Изображение 3D-структуры белка ADPP_ECOLI с отмеченными консервативными остатками

Черным-выделены остатки находящиеся на расстоянии 5А от функционального лиганда (ADV)
Желтым выделены на 100% консервативные остатки
Зеленым-выделены на 80% консервативные оcтатки

Столь низкая консервативность,может обуславливаться :
Низкой идентичностью последовательностей по которым было выполнено выравнивание, либо высокой спицифичностью белка ADPP_ECOLI...
*Можно отметить, что консервативными остатками являются либо Аланин, либо Глицин, что может указывать на важность выполняемых ими функций.

© Таций Ольга, 2005