Метаболические пути. KEGG.

1. Описание ферментативной реакции
1. Субстрат:L-Methionine
2. Продукт: N-Formyl-L-methionine
3. Уравнение реакции: N-Formyl-L-methionine + H2O <=> Formate + L-Methionine.
4. Изображение реакции с помощью структурных формул.


5. Название фермента
Formylmethionine deformylase
6. Код фермента и его расшифровка:
   EC 3: hydrolases
   EC 3.5: Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds
   EC 3.5.1 In linear amides
   EC 3.5.1.31 Formylmethionine deformylase


7. Название метаболического пути:
   Methionine metabolism
   Glyoxylate and dicarboxylate metabolism
8. Заданный субстрат мог появиться из L-Homocysteine(L-Гомоцистеин), а так же из рассматриваемого продукта (N-Formyl-L-methionine) так как реакция обратима.
9. Заданный продукт(N-Formyl-L-methionine) может превратиться обратно в субстрат. .
   
   
   

Поиск заданного метаболического пути. Сравнение ферментов разного типа, катализирущих одну и ту же реакцию



1. При вводе запроса по ключевым словам - Tyrosine metabolism находятся карты с метаболизмом тирозина у разных организмов, всего их 353. Если же запрос дополнить словами reference и map найдется только одна карта, обобщенная для всех организмов.
2. Название пути Tyrosine metabolism.
   
   Выбранный фрагмент реакции, которую катализирует 3 фермента:
   
   
   
   

EC  1.10.3.1

EC  1.14.18.1

Название: catechol oxidase Расшифровка кода: EC 1. Oxidoreductases (оксидоредуктаза) EC 1.10. Acting on diphenols and related substances as donors EC 1.10.3. With oxygen as acceptor Катализируемая ферментативная реакция: 2 catechol + O2 = 2 1,2-benzoquinone + 2 H2O Участие в метаболических путях: Tyrosine metabolism Starch and sucrose metabolism (Метаболизм крахмала и сахарозы)

Название: monophenol monooxygenase Расшифровка кода: EC 1. Oxidoreductases (оксидоредуктаза) EC 1.14. Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen EC 1.14.18. With another compound as one donor, and incorporation of one atom of oxygen Катализируемая ферментативная реакция: L-tyrosine + L-dopa + O2 = L-dopa + dopaquinone + H2O Участие в метаболических путях: Tyrosine metabolism Riboflavin metabolism Stilbene, coumarine and lignin biosynthesi Alkaloid biosynthesis I




Cравнение метаболических путей у разных организмов



• Анализируемый процесс: Биосинтез фенилаланина из хоризмата



• Название найденного пути: Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis (Биосинтез фенилаланина, тирозина и триптофана)



• Идентификатор карты : 00400

фрагмент карты соответствующий биосинтезу фенилаланина из хоризмата:



Как видно из данного фрагмента, фенилаланин может синтезироватся из хоризмата четырьмя путями - в двух случаях в результате трех последовательных реакций и в двух других случаях в результате пяти последовательных реакций. Хоризмат образуется из 5-O-(1-карбоксивинил)-3-фосфошикимата или из префеновой кислоты. Фенилаланин в дальнейшем может превращаться в фенилпируват, тирозин или L-фенилаланил-тРНК.

Биосинтез фенилаланина из хоризмата у Escherichia coli K-12 и Mus musculus:


Исходя из приведенных ниже карт можно сделать вывод, что синтез фенилаланина из хоризмата будет идти только у Eschrichia coli K-12, тогда как у мыши не достаточно ферментов для протекания данного синтеза.

Escherichia coli K-12	Mus musculus

 

Таций Ольга, 2006