 |
На приведенном рисунке показана пространственная структура белка 2,5-дикето-D-глюконатредуктаза А, выполненная с помощью программы RasMol.
Синим цветом показаны 2 цепи: А и В. Цепь А соединена с 2-мя молекулами глицерина и 2-мя фосфат-ионами,
цепь В - с 3-мя фосфат-ионами. Молекулы глицерина - красно-серые, фосфат-ионы -
желто-красные. Цепи белка изображены в проводочной модели, лиганды - шариками Вандерваальсовых радиусов.
|
restrict none
background white
select *A
backbone 30
color blue
center gol
zoom 250
select 52A,24A,187A,109A,269A,274A,108A,25A,79A,51A
wireframe 60
color magenta
select within(5.,gol ) and protein
cpk 150
color green
select gol
wireframe 200
color cpk
script 1mzr.def
select aa1
color red
set fontsize 14
set fontstroke 1.5
select aa1 and *.ca
label AA1
select aa2
color orange
select aa2 and *.ca
label AA2
echo This is DKGA with glycerol
echo AA1 is red
echo AA2 is orange
pause
restrict cont_A_gol,gol
select gol
spacefill
zoom 600
echo This is contact zone
|
Этот скрипт показывает зону контакта белка и лиганда. Он генерирует 2 изображения:
зону контакта вместе с белком (общая картина - ее вы можете увидеть на странице, посвященной контакту с лигандом) и
увеличенную отдельно зону контакта белка и глицерина.
Скрипт нужен для того, чтобы сохранить некоторую последовательность действий в RasMol, которая
выделяет требуемые участки, красит и увеличивает их. Скрипт делает из простого изображения структуры
то, на котором выделены те взаимодействия, которые нужны, т.е. изображение становится специализированным.
|
|
