Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

Фрагменты вырaвниваний:
Выравнивание из SMART:
                                                                                                                                                     
                                  5       1 0       1 5       2 0       2 5       3 0       3 5       4 0       4 5       5 0       5 5              
D H B 5 _ M O U S E   :   L G S M A K K - - Y N R T P A L I A L R Y Q L Q R G - - - V V V L A K S F S E K R I K E N M Q V F - E F Q L T S E   :   5 1
A A D 3 _ Y E A S T   :   L A K I A E E H G T - E S V T A I A I A Y V R S K - A K N F F P S V E G G K I E D L K E N I K A L S - I D L T P D   :   5 4
A A D _ P H A C H _   :   L E K V A E E I G A - K S I T S V A I A Y L M Q K - F P Y V F P I V G G R K V E H L Y A N L E A L D - I S L S P E   :   5 4
K C A B 2 _ H U M A   :   L Q A I A E - R L G - C T L P Q L A I A W C L R N - E G V S S V L L G A S N A D Q L M E N I G A I Q V L P K L S S   :   5 4
Y G H Z _ E C O L I   :   L N E M A Q - Q R G - Q S M A Q M A L S W L L K D - D R V T S V L I G A S R A E Q L E E N V Q A L N N L T F S T K   :   5 4
                          L     6 A               3       6 A 6   5                                         6     N 6                                
                                                       
                            6 0       6 5              
D H B 5 _ M O U S E   :   D M K V L D D L N K   :   6 1
A A D 3 _ Y E A S T   :   N I K Y L E S I V P   :   6 4
A A D _ P H A C H _   :   Q M Q F L N D T V P   :   6 4
K C A B 2 _ H U M A   :   S I I H E I D S I L   :   6 4
Y G H Z _ E C O L I   :   E L A Q I D Q H I A   :   6 4
                            6                          
Выравнивание с помощью программы emma:
                                                                                                                                                     
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                        
D H B 5 _ M O U S E   :   L G S M A K K Y N R T P A L I A L R Y Q L Q R G V V V L A K S F S E K R I K E N M Q V F E F Q L T S E D M K V L   :     5 6
A A D 3 _ Y E A S T   :   K I S E A L A K I A E E H G T E S V T A I A I A Y V R S K A K N F F P S V E G G K I E D L K E N I K A L S I D L   :     5 6
A A D _ P H A C H     :   K V S K A L E K V A E E I G A K S I T S V A I A Y L M Q K F P Y V F P I V G G R K V E H L Y A N L E A L D I S L   :     5 6
K C A B 2 _ H U M A   :   Q A K L K E L Q A I A E R L G C T L P Q L A I A W C L R N E G V S S V L L G A S N A D Q L M E N I G A I Q V L P   :     5 6
Y G H Z _ E C O L I   :   N S L R L L N E M A Q Q R G - Q S M A Q M A L S W L L K D D R V T S V L I G A S R A E Q L E E N V Q A L N N - L   :     5 4
                                                                  6 a                             6               l     n     a         l            
                                                                   
                              6 0                   *              
D H B 5 _ M O U S E   :   D D L N K N I R Y I S G S S F   :     7 1
A A D 3 _ Y E A S T   :   T P D N I K Y L E S I V P F D   :     7 1
A A D _ P H A C H     :   S P E Q M Q F L N D T V P F N   :     7 1
K C A B 2 _ H U M A   :   K L S S S I I H E I D S I L G   :     7 1
Y G H Z _ E C O L I   :   T F S T K E L A Q I D Q H I A   :     6 9
                                                                   
Число колонок выравнивания из SMART - 71.
Полностью совпавших нет. Белок мыши сдвинут в сторону по сравнению с эталонным выравниванием и поэтому нигде с ним не совпадает. Но 3 белка (AAD3_YEAST, AAD_PHACH, YGHZ_ECOLI) довольно хорошо выравниваются. У двух белков (AAD3_YEAST, AAD_PHACH) выравнивания полностью совпадают - разница лишь в гэпах, которые нужны лишь для выравнивания с другими белками. У YGHZ_ECOLI совпадают 44 колонок в начале (внутри небольшой сдвиг - не совпадение 3 колонок), а потом выравнивание сдвигается на один остаток. Белок человека тоже довольно хорошо выравнивается программой emma. Совпадающих - 38 колонок.
"Эталонное" выравнивание и выравнивание, полученное с помощью программы emma, не совпали полностью. Так как "эталонное" выравнивание обосновано не только с точки зрения самих последовательностей, но и пространственной структуры, то доверять следует все же ему. А разница в выравниваниях говорит только о том, что эта программа работает по алгоритму, который представляет собой некоторое приближение реальности, и не всегда правильно выравнивает белки. Но в целом отклонения небольшие, и это значит, что алгоритм хорошо разработан и его можно применять, чтобы выровнять те белки, для которых не построены "эталонные" выравнивания.
Матрица попарной идентичности для выбранного фрагмента(выравнивание emma): 
               DHB5_MOUSE   AAD3_YEAST    AAD_PHACH  KCAB2_HUMAN   YGHZ_ECOLI 

  DHB5_MOUSE          100%                                                    

  AAD3_YEAST            7%         100%                                       

   AAD_PHACH            4%          46%         100%                          

 KCAB2_HUMAN            8%          14%          11%         100%             

  YGHZ_ECOLI            7%          18%          18%          29%         100%
Эта матрица показывает, насколько идентичны последовательности этих белков. Получаем, что для наиболее близких фрагментов больше совпадений в 2-х выравниваниях. Это можно объяснить тем, что в случае большей схожести последовательностей, выравнивание более однозначно, и его легче получить правильно.

На страницу 2-го семестра
© Моросанова Мария