PSI-BLAST

Поиск далеких гомологов белка LGB1_LUPLU

Результаты работы программы BlastP (поиск гомологов белка LGB1_LUPLU )

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	1e-70	LGB2_LUPLU	86%	153
В бактериях (Bacteria)	36	1e-06	HMP_RHIME	29%	117
В Escherichia coli K-12	0
В животных(Metazoa)	26	2e-06	NGB_BRARE	25%	141
В человеке	3	5.8	CRNL1_HUMAN	28%	78

Среди белков кишечной палочки не удалось обнпружить гомологов искомого белка LGB1_LUPLU с помощью программы BlastP(впрочем, это удалось сделать с помощью PSI-BLAST'a). А у человека такой белок нашелся, правда, трудно сказать, гомологичен ли он данному белку.

Результаты работы программы PSI-BLAST (поиск гомологов белка LGB1_LUPLU)

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
	Бактерии		Животные		Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	21	21	5	5					CRNL1_HUMAN	5.8	28%	78
2	38	17	332	327	HMP_ECOLI(HMP_ECO57, HMP_ECOL6 - совершенно идентичные результаты)	1e-29	20%	148	NGB_HUMAN	2e-19	21%	143
3	38	0	878	546	HMP_ECOLI(HMP_ECO57, HMP_ECOL6 - совершенно идентичные результаты)	7e-28	20%	148	HGB2_HUMAN	5e-45	18%	150
4	38	0	884	5	HMP_ECOLI(HMP_ECO57, HMP_ECOL6 - совершенно идентичные результаты)	1e-22	20%	143	HGB2_HUMAN	3e-53	17%	154

5-я итерация уже не дает новых последовательностей.
PSI-BLAST используется для того, чтобы находить далеких гомологов белков. Первая итерация - это просто BlastP. Дальше программа PSI_BLAST строит на основании уже найденных белков профиль, по которому и осуществляется новый поиск (2-я итерация). В результате выполнения 4 итераций удалось найти много довольно далеких гомологов белка LGB1_LUPLU, тех, котрые не нашлись с помощью обычного BLAST'а. "Лучшие находки" менялись с выполнением итераций. Это значит, что учитывая добавленные последовательности, PSI-BLAST создавал новые критерии "лучшести"(новые профили), да и вообще годности в гомологи (что и позволяло находить новые последовательности).
На страницу 2-го семестра