Филогенетические деревья, реконструированные разными способами
Эталонное выравнивание части домена Aldo_ket_red моего белка(выравнивание всего домена я, к сожалению не сохранила):
                                                                                                                                                     
                                  5       1 0       1 5       2 0       2 5       3 0       3 5       4 0       4 5       5 0       5 5              
D H B 5 _ M O U S E   :   L G S M A K K - - Y N R T P A L I A L R Y Q L Q R G - - - V V V L A K S F S E K R I K E N M Q V F - E F Q L T S E   :   5 1
A A D 3 _ Y E A S T   :   L A K I A E E H G T - E S V T A I A I A Y V R S K - A K N F F P S V E G G K I E D L K E N I K A L S - I D L T P D   :   5 4
A A D _ P H A C H _   :   L E K V A E E I G A - K S I T S V A I A Y L M Q K - F P Y V F P I V G G R K V E H L Y A N L E A L D - I S L S P E   :   5 4
K C A B 2 _ H U M A   :   L Q A I A E - R L G - C T L P Q L A I A W C L R N - E G V S S V L L G A S N A D Q L M E N I G A I Q V L P K L S S   :   5 4
Y G H Z _ E C O L I   :   L N E M A Q - Q R G - Q S M A Q M A L S W L L K D - D R V T S V L I G A S R A E Q L E E N V Q A L N N L T F S T K   :   5 4
                          L     6 A               3       6 A 6   5                                         6     N 6                                
                                                       
                            6 0       6 5              
D H B 5 _ M O U S E   :   D M K V L D D L N K   :   6 1
A A D 3 _ Y E A S T   :   N I K Y L E S I V P   :   6 4
A A D _ P H A C H _   :   Q M Q F L N D T V P   :   6 4
K C A B 2 _ H U M A   :   S I I H E I D S I L   :   6 4
Y G H Z _ E C O L I   :   E L A Q I D Q H I A   :   6 4
                            6                          

Здесь вы можете посмотреть, как я строила правильную скобочную формулу и собственно само дерево на основе матрицы эволюционных расстояний. UPGMA.xls
На основе этой скобочной записи с помощью программ drawtree и drawgram пакета Phylip были построены 2 дерева:
Из этих двух изображений 1-ое(неукорененное) лучше отражает мое представление о этом дереве,т.к., на мой взгляд, оно с большей вероятностью оказывается правильным ( как и в данном случае - неукорененные деревья совпадают, а укорененные - нет). Ставя корень в определенное место, мы задаем ход всего эволюционного процесса, и здесь может возникнуть ошибка. А с неукорененным деревом таких проблем нет, хотя оно и несет меньше информации (все то же, что и укорененное за исключением "начала эволюции"). Но в принципе одна и та же скобочная запись дает одинаковые деревья - если не смотреть на корень.
На неукоренном дереве нельзя точно описать ход событий, т.к. мы не знаем откуда начинать. Но можно сказать следующее:
Человек и кишечная палочка имели какого-то общего предка.
Дрожжи и гриб-базидиомицет имели какого-то общего предка(это, кстати, правильно).
Мышь отстоит от этих двух групп.
Также 2 дерева были получены с помощью метода ближайших соседей:

Правое изображение вообще является полностью неправильным, т.к. этот метод всегда дает неукорененное дерево, т.е. указывается корень, которого не указывает программа, а значит его место может оказаться неверным очень легко ( поэтому и различаются 2 укорененных дерева, построенные разными методами). А неукорененное дерево в общем плане совпадает с UPGMA-деревом (различаются только расстояния). Таким образом, ход эволюции получился совершенно одинаковым в обоих случаях. Это говорит о том, что каким бы неправильным этот ход не казался, он действительно имеет место для этих 4-х белков (но ни в коем случае не для видов организмов).
На страницу 2-го семестра
© Моросанова Мария