На страницу 2-го семестра
1.Весы замен аминокислот взяты из матрицы
Blosum 62. Средний вес аминокислотных замен среди первой группы = 0, среди второй группы = 0,5,
а между группами =-0,8125. Это значит, что замена аминокислот внутри группы более вероятна. Это и понятно — внутри группы находятся аминокислоты со схожими свойствами.
Такая замена не будет очень сильно влиять на структуру белка, значит велика вероятность сохранения функции, а значит выживания организма и передачи гена потомкам.
Вычисления в файле blosum62.xls
2.Вес замены аминокислот в парах AA, AD, AC были посчитаны по формуле:
частота встречаемости пары/(частота встречаемости первой аминокислоты*частота
встречаемости второй аминокислоты). Для вычисления этих величин был выбран
блок выровненных последовательностей белка DKGA и его гомологов шириной 55
аминокислот, состоящий из 1069 последовательностей. Расчет количества пар был
произведен программой pairs_count.exe, а расчет частоты встречаемости пары и
собственно веса замены находится в файле
block_pairs.xls. При расчете веса использовались частоты аминокислот,
расчитанные для данного блока в файле block.xls.
3.Аналогично рассчитанные весы замен для тех же пар, но для большей выборки
(200 блоков) приведены в файле
blocks_200_pairs.xls.
По сравнению с матрицей Blosum62:
