 |
A- и B-формы ДНК
|
| | A-форма | B-форма | Файл dna30.pdb |
| Тип спирали (правая или левая) |
правая | правая | правая |
| Шаг спирали (Å) |
28.02 ангстрем | 33.75 ангстрем | 1 цепь - 33.06, 2 цепь - 33.34 ангстрем |
| Число оснований на виток |
11 | 10 | 10 |
| Ширина большой бороздки |
7.98(от 8 фосфора) | 17.2(от 8 фосфора) | 18.22(от 7 фосфора) |
| Ширина малой бороздки |
16.8(от 8 фосфора) | 11.69(от 8 фосфора) | 12.94(от 7 фосфора) |
Первые 2 столбца таблицы показывают, что А и В формы ДНК сильно отличаются по многим параметрам.
Соответственно, зная эти параметры для какой-то молекулы ДНК, можно определить ее форму.
Практически очевидно, что ДНК из файла dna30.pdb имеет В-форму.
Торсионные углы
С помощью программы analyse я получила следующие значения торсионных углов:
- А-форма
alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
-51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
- B-форма
alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
-29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
- dna30.pdb
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 A --- --- 175.9 139.2 172.7 -97.2 -108.0
2 C -60.5 -168.7 51.6 138.8 -166.6 -96.6 -105.8
3 C -52.9 172.7 34.8 120.4 -176.8 -93.0 -109.8
4 G -60.3 174.8 50.1 137.1 -148.8 -169.7 -92.7
5 A -48.3 149.6 46.2 142.2 -172.2 -86.1 -111.6
6 C -63.9 175.5 47.0 110.5 -174.8 -85.3 -119.9
7 G -61.4 172.7 46.2 112.1 176.9 -91.9 -115.0
8 T -54.9 176.4 45.2 115.6 178.3 -90.5 -117.1
9 C -53.6 162.9 48.2 86.2 -166.4 -83.6 -141.6
10 G -56.6 177.6 57.4 140.1 -178.9 -93.2 -107.5
11 G -68.4 -175.3 48.7 119.0 178.6 -87.7 -116.0
12 T -72.3 173.7 58.5 84.9 --- --- -137.5
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 T -72.0 173.8 51.7 83.4 --- --- -136.7
2 G -57.6 -177.5 32.5 138.1 -179.2 -91.4 -104.7
3 G -64.4 154.4 43.3 146.4 -170.2 -106.8 -100.0
4 C -60.3 171.9 40.2 141.0 -129.4 -178.4 -81.9
5 T -57.9 -175.7 49.4 132.3 -168.6 -90.7 -108.3
6 G -73.5 141.4 39.5 132.3 -176.3 -100.7 -113.3
7 C -66.5 172.6 38.7 138.1 -96.5 169.9 -88.6
8 A -55.7 175.8 46.0 140.7 -162.8 -87.8 -116.3
9 G -75.3 173.2 48.1 135.6 -171.1 -134.7 -98.2
10 C -54.7 163.3 48.0 117.8 -164.8 -84.0 -120.7
11 C -68.8 178.3 55.2 124.3 -160.4 -112.9 -111.3
12 A --- --- -175.2 148.2 -177.3 -83.8 -109.3
Для А и В форм я привела по одному набору углов, потому что эти углы точно такие же (
или отличаются на 0.1) для всех оснований. Глядя на углы моей молекулы ДНК можно
увидеть, что эти углы разные для разных оснований. Но если смотреть на большинство значений в
каждом столбце, то можно сказать альфа, бета, гамма углы ближе к А-форме,
дельта, хи - к В-форме, а эпсилон и зета вообще ни на что не похожи, но зета все же несколько
ближе к В-форме. Так как наиболее различие в углах между А и В формой наблюдается для углов
дельта, зета и хи, то близость этих углов к В-форме и играет определяющую роль (т.е.
остальные углы настолько похожи у А и В форм, что невозможно по ним определять форму).
Из данных, выданных программой analyse, мне очень понравилась такая табличка:
Classification of each dinucleotide step in a right-handed nucleic acid
structure: A-like; B-like; TA-like; intermediate of A and B, or other cases
step Xp Yp Zp XpH YpH ZpH Form
1 AC/GT -2.92 9.00 -0.16 -3.46 9.00 -0.18 B
2 CC/GG -3.11 9.10 -0.60 -4.41 9.02 1.32 B
3 CG/CG -2.85 8.83 -0.54 -2.09 8.81 0.72 B
4 GA/TC -2.80 8.68 -0.54 -1.55 8.70 0.02 B
5 AC/GT -2.96 9.17 -0.35 -3.94 9.17 0.35 B
6 CG/CG -2.96 9.02 -0.47 -3.31 8.93 1.34 B
7 GT/AC -3.38 9.16 -0.52 -4.57 9.15 0.72 B
8 TC/GA -2.77 8.94 0.33 -2.93 8.94 0.13 B
9 CG/CG -2.80 8.99 -0.24 -3.81 8.59 2.67 B
10 GG/CC -3.11 9.11 -0.38 -4.35 9.07 1.02 B
11 GT/AC -3.27 9.21 -0.36 -4.29 9.22 0.04 B
Это самое лучшее доказательство того, что форvу ДНК я определила правильно. К тому
же это очень простой и довольно надежный способ в дальнейшем определять форму ДНК.
Стопочные модели, полученные с помощью программы pdb2img
| |
А-форма |
B-форма |
dna30.pdb |
| Вид с торца |
 |
 |
 |
| Вид с боку |
 |
 |
 |
На страницу 3-го семестра
© Моросанова Мария