treesadd

Филогенетические деревья

1. Было получено консенсусное дерево, но 100 последовательностей в этот раз были сделаны с помощью jackknife вместо bootstrap (нет копирования позиций при построении выравниваний). Результат оказался хуже, чем при бутстреп-анализе. Ветви дерева остались такими же, но все 3 из них встретились во всех выравниваниях, т.е.:

A B C D E F
* . * . . .   100
* * * . . .   100
* * * . . *   100

Причем первая ветвь не присутствует в исходном дереве. При бутстреп-анализе она встретилась хотя бы у 17 деревьев, а здесь - ни у одного.
2. На вход программе fretree я подала скобочную форму дерева, восстановленного методом Neighbor-joining:

 fretree 6 all.treefile

Затем мне было предложено ввести какую-либо однобуквенную команду или ? для получения справки. С помощью команды М я переукоренила это дерево в среднюю точку. После этого программа записала это дерево в новый файл, имя которго я указала вначале работы с fretree.
3. Чтобы создать изображение полученного дерева в виде ориентированной вправо филограммы, я запустила fdrawgram :

 fdrawgram -style p all1.treefile

Именно параметр -style, равный p, говорит о том, что будет нарисована именно филограмма. Она представлена на этом рисунке:

4. С помощью программы fdnamlk я реконструировала предковую последовательность (методом максимального правдоподобия):

fdnamlk -sequence all.fasta -ttratio 1 -hypstate y

-ttratio 1 значит,что я беру отношение транзиций к трансверсиям = 1, -hypstate y значит, что я хочу восстановить предковую последовательность (y=yes).
Если с сравнивать реальной предковой последовательностью, то 55% позиций восстановлены полностью верно. В тех случаях, когда предсказан не нуклеотид, а их группа (s,w,r,y и т.д.), то в реальной последовательности, как правило, стоит нуклеотид из этой группы (хотя не всегда). Выравнивание восстановленной последовательности и исходной:

На страницу 4-го семестра