enzymeadd

Коды ферментов

Описание группы ферментов с кодом 3.6.3.16 в БД Brenda
В БД Brenda приведена следующая схема реакции, катализируемой ферментами с кодом 3.6.3.16:

Также были получены следующие сведения об этой группе ферментов:
1. В БД Brenda описано 111 ферментов с кодом 3.6.3.16
2. Субъединичная стуктура - есть 3 субъединицы:
ARSA - присоединенная к мембране АТФаза
ARSB - канальный белок, транспортирует арсенит либо за счет мембранного потенциала (один), либо за счет энергии АТФ (вместе с ARSA)
ARSC - превращает менее токсичный арсенат в арсенит, чтобы и он тоже выводился
3. В БД Brenda не приведена информация насчет посттрансляционных модификаций и связанных с этим ферментом болезней человека.

Сравнение аннотаций GO для белков ARSA1_ECOLI, ARSA1_HUMAN и ARSA_METJA:
Аннотации GO для данных белков были взяты из БД GOA (получены по AC UniProt), аннотации UniProt - из записей UniProt для этих белков

Аннотации GO
1.Процесс
У всех 3 белков есть 2 записи - транспорт анионов и ответ на арсениты, арсенаты или арсениды, у всех с доказательством IEA. У белка человека еще есть запись транспорт, имеющая доказательство TAS.
2.Функция
У всех белков есть 4 записи - связывание с нуклеотидами, связывание АТФ, АТФазная активность, связанная с транспортом арсенитов, гидролазная активность, все с доказательствами IEA. У фермента кишечной палочки есть еще запись нуклеозидтрифосфатазная активность, IEA. У фермента человека есть еще 2 записи с доказательствами TAS - транспортер и транспортер арсенитов.
3.Расположение в клетке
У всех белков есть запись - мембрана, доказательства IEA. У белка человека есть еще 3 записи - растворимая фракция, ядрышко, цитоплазма, все доказательства TAS.
В общем, можно сказать, что аннотации GO очень схожи для всех этих белков. Для кишечной палочкой и Methanococcus jannaschii практически все записи совпадают, и вся аннотация электронная. Аннотация человеческого фермента отличается тем, что имеются более достоверные сведения. Иногда они подтверждают электронную аннотацию (процесс и функция), а иногда - противоречат (расположение в клетке).
Сравнение аннотаций GO и UniProt:
В Uniprot также сказано, что эти белки анион-транспортирующие АТФазы, катализируют выброс арсенитов из клетки. Указана катализируемая реакция. Главное отличие от GO - то, что нет указания на место работы фермента в клетке, зато для белка человека сказано, что он имеется в клетках всех тканей. В итоге можно сказать, что аннотация UniProt не содержит излишних повторов, как GO (вроде транспортер и транспортер арсенитов), но и не так полна.

Описание различных свойств этих ферментов в БД Brenda
В БД Brenda pH оптимумы и границы не описаны ни для одного фермента с кодом 3.6.3.16. Кофакторы и ингибиторы известны только для ферментов кишечной палочки, поэтому сравнивать 2 фермента не оказалось возможным. Кофактор - комплекс иона магния с АТФ. Ингибиторы - антимонит(ингибирует захват арсенита), АТФ, диэтилдикарбонат, N-этилмалеимид.
На страницу 4-го семестра