Упражнение 1
При переведении карты в режим "Reference map (KO)" синими становятся те ферменты,
для генов которых есть записи об их ортологах в KEGG (KO - KEGG orthology). Если
щелкнуть мышкой по синему ферменту, то можно получить страничку с записью о нем из
KEGG orthology. В этой записи содержится краткая информация о самом ферменте (без привязки к конкретному
организму) и, самое главное, список локусов генов-ортологов, кодирующих этот фермент, для разных организмов.
Упражнение 2
Исследование возможностей KEGG было сделано на примере белка DKGA_ECOLI(наверно, не самый удачный пример, так
как в некоторых разделах он не описан- например, в PATHWAY)
При поиске на главной странице по коду фермента (1.1.1.274) или названию белка (2,5-diketo-D-gluconate reductase A
) одинаково находятся все записи KEGG, связанные с этим белком: записи KO, записи генов конкретных организмов,
записи для фермента. Если пойти по ссылке на запись для какого-либо организма,
можно получить следующую страничку. Там можно увидеть название белка,
ссылки на другие части KEGG'а и другие базы данных, а также позицию гена в геноме, последовательности
белка и гена. Запись для фермента идентична той, что описана в пункте 3, а записи КО описаны в первом упражнении.
При поиске в BRITE по коду фермента (1.1.1.274) можно получить страницу, содержащую расшифровку всех цифр кода,
список записей ферментов с таким кодом из KO, а также описание, схему и ссылку на запись KEGG Reaction для
реакции, катализируемой этим ферментом.
При поиске в LIGAND по коду фермента (1.1.1.274) выдается список всех ферментов
с таким кодом из KEGG Enzyme. Если пойти по ссылке для какого-нибудь фермента, то можно получить
такую страничку. На ней содержится информация о классе фермента,
катализируемой реакции, краткий комментарий его функции в живых организмах, список генов,
кодирующих ферменты с таким кодом, ссылки на статьи, в которых описаны эти ферменты или их гены, и ссылки
на другие базы данных.
В разделе KEGG Identifiers можно по заданному идентификатору KEGG получить его
запись. Например, для идентификатора реакции R05823 была выдана такая страничка. На ней
изображена схема реакции, указаны идентификаторы KEGG для всех участвующих веществ,
код фермента и ссылки на пары веществ, с которыми этот белок проводит реакцию
в качестве фермента или кофактора. Также на этой странице можно получить список всех идентификаторов KEGG,
соответствующих коду доступа другой БД (например, для Q46857 выдается такая страничка, если указать, что это код доступа
UniProt).
Если в разделе GENES провести поиск по имени гена(dkgA), то можно получить список
генов различных организмов, имеющих такое имя. Каждый пункт в этом списке представляет собой
страничку, описанную в пункте 1, т.е. запись KEGG для конкретного гена и кодируемого им белка.
Если в этом же разделе произвести поиск по коду фермента, то получим другой список -
всех белков, которые имеют такой код.
