FUNCTIONS

Функции

Заданное описание описание локализации - аппарат Гольджи. Выбранный термин GO Golgi apparatus, идентификатор GO:0005794. Название онтологии GO - cellular component (клеточный компонент). Определение: Цитоплазматический мембранный органоид эукариотических клеток, состоящий из уплощенных везикул, лишенных рибосом и уложенных в более или менее регулярную стопку. Комплекс Гольджи отличается от ЭПР более толстой мембраной, представленной в виде характерных мелких полукругов,расположенных так, что цис-зона обращена к ЭПР, а секреторные везикулы отходят от транс-зоны. В комплексе Гольджи проходит вторичная модификация белков, синтезированных на рибосомах. Например, там происходит модификация олигосахаридов, входящих в состав гликопротеидов, сортировка и упаковка белков для транспорта в различные части клетки. Выделяют три участка, различных по строению и функциям, - цис-, транс- и средний участок.

Функция белка DKGA_ECOLI (AC UniProt Q46857)

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос(данные GO)	Данные EcoCyc
Где?	component	0		Цитоплазма
Зачем, для чего?	process	1	Cинтез L-аскорбиновой кислоты	Метаболизм метилглиоксаля и бета-кетоэфира
Молекулярный механизм?	function	2	Этот белок является оксидоредуктазой, то есть катализирует окислительно-восстановительные реакции, в которых один из субстратов окисляется, а другой восстанавливается. В данном случае эта реакция такова: 2-dehydro-D-gluconate + NADP+ = 2,5-didehydro-D-gluconate + NADPH + H+	Оксидоредуктазная активность в следующих реакциях: methylglyoxal + NADPH <=> acetol + NADP+ ethyl-2-methylacetoacetate + NADPH <=> ethyl-(2R)-methyl-(3S)-hydroxybutanoate + NADP+
Специфичность?	function	1	Здесь специфичность также как и молекулярный механизм описана в онтологии function, но не во всех записях, а только в одной,которая описывает саму реакцию. Специфичный субстрат 2-дегидро-D-глюконат. В качестве электронного донора предпочтительнее НАДФ.	Субстратами также являются этил-2-метилацетоацетат и метилгликсаль, причем в реакции с метилгликсалем это белок в 1000 раз активнее, чем в реакции с 2-дегидро-D-глюконатом. Реакция с этил-2-метилацетоацетатом стереоселективна.

Протеом Plasmodium falciparum. Результаты поиска в UniProt, 17.03.2007 г.

	Количество записей	Запрос
Всего	11827	(([uniprot-Species:Plasmodium] & [uniprot-Species:falciparum]) \| [uniprot-Species:Plasmodium falciparum*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3521	((([uniprot-Species:Plasmodium] & [uniprot-Species:falciparum]) \| [uniprot-Species:Plasmodium falciparum]) & (((([uniprot-DBxref_:GO] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:C:]) \| [uniprot-DBxref_:GO F: P: C:]))
В том числе белков комплекса Гольджи	3	((([uniprot-Species:Plasmodium] & [uniprot-Species:falciparum]) \| [uniprot-Species:Plasmodium falciparum]) & (((([uniprot-DBxref_:GO] & [uniprot-DBxref_:C:Golgi]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:]) \| [uniprot-DBxref_:GO C:Golgi P: F:]))
В том числе *только* с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	0	(((([uniprot-Species:Plasmodium] & [uniprot-Species:falciparum]) \| [uniprot-Species:Plasmodium falciparum]) & (((([uniprot-DBxref_:GO] & [uniprot-DBxref_:C:Golgi]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:]) \| [uniprot-DBxref_:GO C:Golgi P: F:])) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA:] \| [uniprot-DBxref_:TAS:]) ! [uniprot-DBxref_:IC:]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:]) ! [uniprot-DBxref_:ND:]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:]) ! [uniprot-DBxref_:NR:]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	0	(((([uniprot-Species:Plasmodium] & [uniprot-Species:falciparum]) \| [uniprot-Species:Plasmodium falciparum]) & (((([uniprot-DBxref_:GO] & [uniprot-DBxref_:C:Golgi]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:]) \| [uniprot-DBxref_:GO C:Golgi P: F:])) & ([uniprot-DBxref_:IDA:] \| [uniprot-DBxref_:TAS:]))

Белков с описанием во всех трех онтологиях около четверти от общего количества. Из них белков комплекса Гольджи только 3, причем всего белков комплекса Гольдхи (включая белки с неполным количеством идентификаторов) 5. В запросе я вводила С: Golgi, а не идентификатор термина Golgi apparatus потому, что так находятся и белки, которые, например, находятся в мембране комплекса Гольджи или мембране везикул, транспортирущих вещества между цистернами комплекса Гольджи. Эти белки так же расположены в аппарате Гольджи, как и те, у которых в онтологии С стоит идентификатор термина Golgi apparatus, но не находятся если искать по этому идентификатору. Найденные белки коплекса Гольджи имеют доказательства функций IEA. Из этого можно сделать вывод, что у малярийного плазмодия изучают не эти белки, а какие-то другие. С доказательством функции IDA в этом протеоме есть только один белок (аминопептидаза AMP1_PLAFQ), с доказательством TAS - нет вообще. В итоге можно сказать, что это протеом не очень хорошо(или даже плохо) аннотирован в UniProt.
Остальные дополнительные задания здесь.
На страницу 4-го семестра