Коды ферментов

Заданный код фермента 3.6.3.16 согласно номенклатуре ферментов IUPAC обозначает следующее:
3 - гидролазы, ферменты катализирующие гидролиз различных связей
3.6 - действующие на ангидриды кислот, например, на нуклеозидди- и трифосфаты, расщепляя дифосфатные связи
3.6.3 - катализируют трансмембранный перенос веществ за счет гидролиза связи в АТФ
3.6.3.16 - перенос арсенитов(солей мышьяковистой кислоты), то есть катализ следующей реакции:
ATP + H2O + arsenite(in) = ADP + phosphate + arsenite(out)

Были найдены все ферменты с кодом 3.6.3.16 трех организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека с помощью такого запроса в SRS:
((([uniprot-ID:*_ECOLI*] | [uniprot-ID:*_HUMAN*]) | [uniprot-ID:*_METJA*]) & [uniprot-ECNumber:3.6.3.16*])
Найдено 4 белка: ARSA1_ECOLI, ARSA1_HUMAN, ARSA2_ECOLI, ARSA_METJA. Но для Methanococcus jannaschii этот белок с предполагаемой функцией и имя гена для него не указывается, поэтому далее рассматривались только 3 первых белка. В таблице приведены домены Pfam для них:
 
UniProt ID
UniProt AC
Имя гена
Первый домен
Идентификатор Pfam
Положение в последовательности
1 ARSA1_ECOLI P08690 ARSA PF02374 327-583
2 ARSA1_HUMAN O43681 ASNA1 PF02374 37-340
3 ARSA2_ECOLI P52145 ARSA PF02374 327-583

С помощью программы NeedleP были попарно выравнены гомологичные домены этих белков и получена оценка их сходства. В таблице приведены % идентичности с ссылками на результаты программы:
  ARSA1_ECOLI ARSA1_HUMAN ARSA2_ECOLI
ARSA1_ECOLI 100% 24.4% 87.9%
ARSA1_HUMAN   100% 24.0%
ARSA2_ECOLI     100%

Таким образом, видно, что функция белка может сохраняться, даже если последовательности доменов совпадают только на 20%. С другой стороны, у кишечной палочки есть 2 белка для выполнения этой функции, которые выполняют ее, образуя димер, чего нет у человеческого белка.
На страницу 4-го семестра
© Моросанова Мария