Сравнение давление отбора на разные гены
С помощью программы PAL2NAL я получила выравнивания генов с разбивкой на кодоны для двух пар генов (и соответствующих белков). Выравнивание белков было сделано программой ClustalX, а потом на его основе было получено выравнивание генов (как раз PAL2NAL). Первая пара белков - это мой белок DKGA_ECOLI и его гомолог из Erwinia carotovora subsp. atroseptica( названия у них одинаковые - 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A, процент идентичности 72%). Их выравнивание можно увидеть
здесь.
Вторая пара белков - это предшественники белков размножения 2-х видов моллюсков - Haliotis sorenseni и Haliotis rufescens. Их выравнивание можно увидеть
здесь.
Для этих же двух пар генов было вычислено соотношение Ka/Ks. Для первой пары оно оказалось равным KA/KS = 0.0044, для второй - KA/KS = 5.4660. Из этого можно сделать вывод, что первая пара генов подвергалась стабилизирующему отбору, а вторая - движущему. Это можно объяснить тем, что гены dkgA кодируют белки, ответственные за жизненно необходимые реакции в клетке (метаболизм различных молекул, который одинаков у многих организмов). Вторая пара генов отвечают за половое размножение и соответственно при видообразовании они подверглись движущему отбору ( эти белки отвечают за растворении оболочек яйцеклетки для проникновения сперматозоида, что должно специфичным для вида).
На страницу 4-го семестра
©
Моросанова Мария
