учебная страничка маши смирновой

анализ домена pf00143

исходные данные

для выполнения практикума я выбрала домен, которому соответствуют:

ac: pf00143

summary name: interferon alpha/beta domain

информация о выравнивании домена

1. максимальный достоверный блок, включающий все последовательности, отсутствует. в случае домена pf00143 нет такой колонки, которая была абсолютно или функционально консервативна во всех последовательностях.

2. максимально достоверный блок, включающий фрагменты не из всех последовательностей - с 86 по 103 колонки 24-51 последовательностей. в этом блоке отсутствуют гэпы, начальная и конечная колонки блока консервативны. внутри блока не все колонки консервативны абсолютно и функционально, это может говорить о дивергенции, мутациях (некоторые а.к.о. могут проходить менее строгий отбор, из-за более вариабельных позиций остатков). по определению максимально достоверного блока - его нельзя расширить с n- или c-конца так, чтобы не уменьшить его достоверность, а также нельзя добавить последовательность к блоку так, чтобы не уменьшить его достоверность.

3. блок, на котором нет оснований считать, что выравнивание отражает ход эволюции - 117-129 колонки. сходство в этом блоке отсутствует, у многих последовательностей есть пробельный участок из гэпов. возможно, этот участок соответствует неструктурированным областям, которые быстро эволюционируют.