Анализ домена Interferon alpha/beta
Исходные данные
Для выполнения практикума я выбрала домен, которому соответствуют:
AC: PF00143
summary name: Interferon alpha/beta domain
Информация о выравнивании домена
1. Максимальный достоверный блок, включающий все последовательности, отсутствует. В случае домена PF00143 нет такой колонки, которая была абсолютно или функционально консервативна во всех последовательностях.
2. Максимально достоверный блок, включающий фрагменты не из всех последовательностей - с 68 по 102 колонки первых 44 последовательностей. В этом блоке отсутствуют гэпы, начальная и конечная колонки блока консервативны. Внутри блока не все колонки консервативны абсолютно и функционально, это может говорить о дивергенции, мутациях (некоторые а.к.о. могут проходить менее строгий отбор, из-за более вариабельных позиций остатков). По определению максимально достоверного блока - его нельзя расширить с N- или C-конца так, чтобы не уменьшить его достоверность, а также нельзя добавить последовательность к блоку так, чтобы не уменьшить его достоверность.
3. Блок, на котором нет оснований считать, что выравнивание отражает ход эволюции - 117-129 колонки. Сходство в этом блоке отсутствует, у многих последовательностей есть пробельный участок из гэпов. Возможно, этот участок соответствует неструктурированным областям, которые быстро эволюционируют.
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей - 91; Число колонок - 194 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Отсутствует |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 16:[LF], 160:L |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll) | Номера колонок: 68-102; Номера последовательностей блока: от 1 до 44 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 40:[QGEY] |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков | 117-129 |