Анализ интерферонов I типа

Общая характеристика

Интерфероны I типа (альфа, бета) относятся к большому суперсемейству спиральных цитокинов, которое включает гормоны роста, интерлейкины, несколько колониестимулирующих факторов и другие регуляторные молекулы.

Доменные архитектуры

В статье https://doi.org/10.1016/S0021-9258(18)45950-9 с исследованием гена рецептора альфа/бета интерферона (IFNAR), получили, что внеклеточная часть этого гена состоит из двух доменов D-2000, каждый из них, в свою очередь, делится на SD100-домены, которые имеют структурное сходство с доменами иммуноглобулин, что говорит об их общем эволюционном происхождении.

3D-структуры

Структура Human-interferon beta состоит их двух доменов. Обладает противовирусными и антипролиферативными свойствами.

Структура ovine-inerferon tau состоит из одного домена. Это гормон, скеретирующийся у овец во время ранней беременности.

Структура THREE-DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT MURINE INTERFERON-BETA имеет новую топологию α-спирального пучка, состоящего из 5 α-спиралей.

Таксономическая распространенность невысокая, интерфероны первого типа распространены только среди эукариот.

Таблица 1

Параметр Значение
AC pfam AC: PF00143
ID pfam Interferon
#SEED 96
#All 2077
#SW 82
#architectures 12
#3D 25
Taxonomy #eukaryota 5783
Taxonomy #archaea -
Taxonomy #bacteria -

Карты локального сходства

Для построения карты локального сходства были выбраны белки A0AAE0V1I5 и A0AAN8LKJ0. Рис. 3 показывает, что на участках ~347-451 белка A0AAN8LKJ0 и ~210-290 белка A0AAE0V1I5 последовательности совпадают. На небольших участках ~388-389, ~403-405 белка A0AAN8LKJ0 наблюдается прерывистость. Это может быть связано со схемами архитектуры белков (рис. 1 и рис. 2). Участок Interferon у белка A0AAE0V1I5 чуть короче, чем у A0AAN8LKJ0.

Схема доменной архитектуры белка A0AAE0V1I5
Рис. 1. Схема доменной архитектуры белка A0AAE0V1I5
Схема доменной архитектуры белка A0AAN8LKJ0
Рис. 2. Схема доменной архитектуры белка A0AAN8LKJ0
Карта локального сходства белков A0AAE0V1I5 и A0AAN8LKJ0
Рис. 3. Карта локального сходства

Таблица 2

Таблица 11-5
Параметр Значение
доменная архитектура 1 PF01498-PF13358-PF00143
Белок с архитектурой 1 A0AAN8LKJ0
доменная архитектура 2 PF00069-PF00143
Белок с архитектурой 2 A0AAE0V1I5