halobellus ramosii - dna-directed rna polymerase subunit beta

dna-directed rna polymerase subunit beta

выбор белка

по поисковому запросу halobellus ramosii был найден лишь 1 белок: dna-directed rna polymerase subunit beta (taxonomy_id: 1126236)

белок относится к аннотированной базе данных trembl.

пункт protein existence: inferred from homology говорит о том, что сам белок не был получен экспериментальным путем и вывод о его существовании сделали на основе записей, схожих с данным белком.

информация

бета-субъединица днк-зависимой рнк-полимеразы (dna-directed rna polymerase subunit beta) - белок, который катализирует транскрипцию днк в рнк, используя четыре рибонуклеозидтрифосфата в качестве субстратов.

поисковые запросы

name: dna-directed rna polymerase subunit beta

запрос (protein name:"dna-directed rna polymerase subunit beta") вывел 217419 результатов. 
этот белок — ключевой компонент днк-зависимой рнк-полимеразы, фермента, необходимого для транскрипции рнк у всех организмов.

запрос (organism_name:"halobellus inordinatus") and (existence:3) вывел 3 результата. 
это архея из семейства halobacteriaceae, обитающая в экстремально соленых средах. 
многие экстремофильные организмы слабо изучены из-за сложностей культивирования и экспериментальной работы, поэтому число результатов сравнительно небольшое.

запрос (gene:rpob) and (taxonomy_name:archaea) вывел 1521 результат. 
скорее всего, это связано с тем, что ген rpob кодирует бета-субъединицу днк-зависимой рнк-полимеразы — ключевого фермента транскрипции. 
у архей, как и у бактерий, этот ген:
- консервативен: присутствует у всех архей, так как транскрипция — фундаментальный процесс.
- структурная роль: формирует активный центр полимеразы, связывает субстраты (рибонуклеозидтрифосфаты).

источники аннотации

1. присвоение названия

код eco: eco:0000256 (inferred from electronic annotation) + rulebase:ru363031

правило ru363031 связано с присвоением имени белку на основе консервативных доменов рнк-полимеразы

достоверность высокая

2. каталитическая активность

ec=2.7.7.6 {eco:0000256|rulebase:ru363031};

evidence={eco:0000256|arba:arba00048552, eco:0000256|rulebase:ru363031}

ec 2.7.7.6 соответствует днк-зависимой рнк-полимеразе

достоверность умеренная

3. кофактор zn²⁺

cc -!- cofactor: name=zn(2+); xref=chebi:chebi:29105; evidence={eco:0000256|arba:arba00001947};

достоверность умеренная

для архейных рнк-полимераз связывание цинка характерно, но требует экспериментального подтверждения