DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Выбор белка

По поисковому запросу Halobellus ramosii был найден лишь 1 белок: DNA-directed RNA polymerase subunit beta (taxonomy_id: 1126236)

Белок относится к аннотированной базе данных TrEMBL.

Пункт Protein existence: Inferred from homology говорит о том, что сам белок не был получен экспериментальным путем и вывод о его существовании сделали на основе записей, схожих с данным белком.

Информация

Бета-субъединица ДНК-зависимой РНК-полимеразы (DNA-directed RNA polymerase subunit beta) - белок, который катализирует транскрипцию ДНК в РНК, используя четыре рибонуклеозидтрифосфата в качестве субстратов.

Поисковые запросы

Name: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
Запрос (protein name:«DNA-directed RNA polymerase subunit beta») вывел 217419 результатов. 
Этот белок — ключевой компонент ДНК-зависимой РНК-полимеразы, фермента, необходимого для транскрипции РНК у всех организмов.
Запрос (organism_name:"Halobellus inordinatus") AND (existence:3) вывел 3 результата. 
Это архея из семейства Halobacteriaceae, обитающая в экстремально соленых средах. 
Многие экстремофильные организмы слабо изучены из-за сложностей культивирования и экспериментальной работы, поэтому число результатов сравнительно небольшое.
Запрос (gene:rpoB) AND (taxonomy_name:Archaea) вывел 1521 результат. 
Скорее всего, это связано с тем, что ген rpoB кодирует бета-субъединицу ДНК-зависимой РНК-полимеразы — ключевого фермента транскрипции. 
У архей, как и у бактерий, этот ген:
* Консервативен: Присутствует у всех архей, так как транскрипция — фундаментальный процесс.
* Структурная роль: Формирует активный центр полимеразы, связывает субстраты (рибонуклеозидтрифосфаты).

Источники аннотации

1. Присвоение названия

Код ECO: ECO:0000256 (Inferred from electronic annotation) + RuleBase:RU363031

  • Правило RU363031 связано с присвоением имени белку на основе консервативных доменов РНК-полимеразы
Достоверность высокая

2. Каталитическая активность

EC=2.7.7.6 {ECO:0000256|RuleBase:RU363031};

Evidence={ECO:0000256|ARBA:ARBA00048552, ECO:0000256|RuleBase:RU363031}

  • EC 2.7.7.6 соответствует ДНК-зависимой РНК-полимеразе
Достоверность умеренная

3. Кофактор Zn²⁺

CC -!- COFACTOR: Name=Zn(2+); Xref=ChEBI:CHEBI:29105; Evidence={ECO:0000256|ARBA:ARBA00001947};

Достоверность умеренная

Для архейных РНК-полимераз связывание цинка характерно, но требует экспериментального подтверждения