Выбор белка
По поисковому запросу Halobellus ramosii был найден лишь 1 белок: DNA-directed RNA polymerase subunit beta (taxonomy_id: 1126236)
Белок относится к аннотированной базе данных TrEMBL.
Пункт Protein existence: Inferred from homology говорит о том, что сам белок не был получен экспериментальным путем и вывод о его существовании сделали на основе записей, схожих с данным белком.
Информация
Бета-субъединица ДНК-зависимой РНК-полимеразы (DNA-directed RNA polymerase subunit beta) - белок, который катализирует транскрипцию ДНК в РНК, используя четыре рибонуклеозидтрифосфата в качестве субстратов.
Поисковые запросы
Name: DNA-directed RNA polymerase subunit beta Запрос (protein name:«DNA-directed RNA polymerase subunit beta») вывел 217419 результатов. Этот белок — ключевой компонент ДНК-зависимой РНК-полимеразы, фермента, необходимого для транскрипции РНК у всех организмов.
Запрос (organism_name:"Halobellus inordinatus") AND (existence:3) вывел 3 результата. Это архея из семейства Halobacteriaceae, обитающая в экстремально соленых средах. Многие экстремофильные организмы слабо изучены из-за сложностей культивирования и экспериментальной работы, поэтому число результатов сравнительно небольшое.
Запрос (gene:rpoB) AND (taxonomy_name:Archaea) вывел 1521 результат. Скорее всего, это связано с тем, что ген rpoB кодирует бета-субъединицу ДНК-зависимой РНК-полимеразы — ключевого фермента транскрипции. У архей, как и у бактерий, этот ген: * Консервативен: Присутствует у всех архей, так как транскрипция — фундаментальный процесс. * Структурная роль: Формирует активный центр полимеразы, связывает субстраты (рибонуклеозидтрифосфаты).
Источники аннотации
1. Присвоение названия
Код ECO: ECO:0000256 (Inferred from electronic annotation) + RuleBase:RU363031
- Правило RU363031 связано с присвоением имени белку на основе консервативных доменов РНК-полимеразы
2. Каталитическая активность
EC=2.7.7.6 {ECO:0000256|RuleBase:RU363031};
Evidence={ECO:0000256|ARBA:ARBA00048552, ECO:0000256|RuleBase:RU363031}
- EC 2.7.7.6 соответствует ДНК-зависимой РНК-полимеразе
3. Кофактор Zn²⁺
CC -!- COFACTOR: Name=Zn(2+); Xref=ChEBI:CHEBI:29105; Evidence={ECO:0000256|ARBA:ARBA00001947};
Для архейных РНК-полимераз связывание цинка характерно, но требует экспериментального подтверждения