cysteine desulfurase iscs 2 (029689)

структура в целом

тип макромолекул: цистеин десульфураза iscs 2
полимерная цепь в структуре 1: цепочка а
биологическая единица: димер (1 единица)

общий вид структуры, биологическая единица — 1. общий вид структуры. цвета соответствуют одному димеру. в каждом димере присутствует 1 белковая цепь (chain a).

ассиметрическая единица — 2. вид ассиметрической единицы. в одну ассиметрическую единицу входит 1 белковая цепь.

анализ отдельных цепей

вторичная структура — 3. распределение вторичной структуры. розовый: α-спирали, голубой: β-тяжи. преобладают α-спирали.

количество полипептидных цепей: 1
организм: archaeoglobus fulgidus dsm 4304
uniprot id: 029689
функция: катализирует удаление элементарной серы из цистеина для производства аланина
мутации: присутствуют
модифицированные остатки: отсутствуют

анализ малых молекул

файл со строками, соответствующими малым молекулам в pdb файле: small_molecules

4'-дезокси-4'-аминопиридоксал-5'-фосфат

краткое название: pmp

полное название: 4'-deoxy-4'-aminopyridoxal-5'-phosphate

структура pmp — присутствие в активном центре: нет

тетраэтиленгликоль

краткое название: pg4

полное название: tetraethylene glycol

структура pg4 — присутствие в активном центре: да
подробная информация в файле: molecules

ацетат ион

краткое название: act

полное название: acetate ion

структура act — присутствие в активном центре: нет

ион кальция

краткое название: ca

полное название: calcium ion

структура ca — присутствие в активном центре: да
подробная информация в файле: molecules

ион хлорида

краткое название: cl

полное название: chloride ion

структура cl — присутствие в активном центре: нет

окружение иона кальция — 4. окружение иона ca²⁺ (5 å).

контакты в структуре

водородные связи остова — 5. водородные связи между атомами остова белка. показаны расстояния между донорами и акцепторами главной цепи белка.

водородные связи радикалов — 6. водородные связи с участием боковых цепей аминокислот.

солевой мостик — 7. солевые мостики между glu-97 и his-98 и другими остатками.

цистеины белка — 8. все цистеиновые остатки в структуре. дисульфидные связи отсутствуют.

стекинг-взаимодействия — 9. стекинг-взаимодействия между ароматическими остатками tyr-6 и tyr-3.