филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев
реконструкции программой FastME
дерево цитохромов b с моделью p-distance
дерево цитохромов b с моделью mtREV
программой FastME с оценкой эволюционных расстояний p-distance и mtREV были построены деревья цитохромов b (рис. 1, рис. 2). эти деревья, по большей части, различаются только в длине ветвей, однако по их топологии они довольно близки. оба дерева хорошо восстанавливают пары внутри семейств:
- Balaenopteridae (Balaenoptera musculus - BALMU и B. physalus - BALPH)
- Physeteridae (Physeter macrocephalus - PHYMC и Kogia breviceps - KOGBR)
- Phocoenidae (Phocoena phocoena - PHOPH и Neophocaena phocaenoides - NEOPH)
- пару дельфинов Delphinus delphis - DELDE и Tursiops truncatus - TURTR
Balaena mysticetus (BALMY) и Eubalaena glacialis (EUBGL) не образуют общую кладу Balaenidae - то есть оба вида оказываются разделёнными и не являются сестринскими таксонами по отношению друг к другу. также в обеих реконструкциях нарушена исходная структура Delphinidae: ожидалась клада ((DELDE,TURTR),(ORCOR,GRAGR)), но вместо нее все четыре дельфина образуют одну крупную подкладу, внутри которой Orcinus orca (ORCOR) и Grampus griseus (GRAGR) не выделяются как отдельная сестринская пара.
реконструкция программой IQ-TREE
дерево цитохромов b, построенное программой IQ-TREE
программой IQ-TREE было построено еще одно дерево цитохромов b, которое также отличается от таксономического (рис. 3). в этом дереве, в отличие от FastME, восстанавливается правильная клада Balaenidae: Balaena mysticetus (BALMY) и Eubalaena glacialis (EUBGL) образуют общую ветвь, а вместе с парой Balaenopteridae (BALMU, BALPH) формируют одну большую кладу Mysticeti, как и в таксономическом дереве.
при этом структура зубатых китов остаётся частично искажённой. хотя пары PHYMC-KOGBR (кашалоты), PHOPH-NEOPH (морские свиньи) и DELDE-TURTR (часть Delphinidae) сохраняются, вид Grampus griseus (GRAGR) оказывается отделён от основной клады дельфинов и не образует парную ветвь с Orcinus orca (ORCOR), как это предполагается таксономическим деревом.
полученные результаты демонстрируют, что разные методы филогенетической реконструкции могут давать slightly различающиеся топологии деревьев, особенно в отношении глубоких ветвей и филогенетических отношений между близкородственными таксонами.