Информация о вирусе
Название: Tomato leaf curl Joydebpur virus.
Вирус, вызывающий сворачивание листьев томатов, штамм Joydebpur.
Является представителем ssDNA viruses, то есть имеет одноцепочечную ДНК.
Информация о хозяине вируса: вирус томатов (/host="tomato").
Особенности данного штамма вируса (Maruthi et al. [1]):
Геном этого вируса (ToLCJV) имеет высокое сходство с ближайшими вирусами семейства Begomovirus (Pepper leaf curl Bangladesh virus и ToLCVD),
но, в отличие от последних не имеет компоненты DNA-B. Кроме того, ToLCJV часто сопровождается вирусом-сателлитом DNA-β, который обычно ассоциируется с серьезными симптомами заболевания, но этого не наблюдается в случае ToLCJV [1].
Идентификатор выданной записи с геномом вируса: NC_007723.
В файле представлена последовательность полного генома компоненты DNA-A вируса.
Длина последовательности 2761bp.
Количество генов 6, они закодированны на обоих цепях ДНК.
Гены в геноме вируса изображены на рисунке 1.
Рис.1 Изображение полного генома вируса с генами.
Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
Интерес представляет область стыка двух генов, идущих по разным цепям: их стоп-кодоны перекрываются.
Эти два стоп-кодона TAA при перекрытии образуют палиндром, см. рисунок 2.
Рис.2 Изображение области интереса
Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
Литература:
- Maruthi, M. N., Rekha, A. R., Alam, S. N., Kader, K. A., Cork, A. and Colvin, J. (2006), A novel begomovirus with distinct genomic and phenotypic features infects tomato in Bangladesh. Plant Pathology, 55: 290. doi: 10.1111/j.1365-3059.2005.01275.