Прокариотический организм Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029
Полное латинское название:
Род (Genus) Rhodobacter
Вид (Species) Rhodobacter spharoides
Штамм (Strain) ATCC 17029
Является представителем домена бактерий. Автогетеротроф, может обитать в разных условиях. Является перспективным объектом исследования в области биотехнологии фотосинтеза. Может перерабатывать оксиды металлов, может быть полезна для очистки промышленных отходов [3].
Идентификаторы записей в базе данных RefSeq на сайте NCBI, которые содержат информацию о полном геноме этого организма:
NC_009040.gbk plasmid pRSPH01, complete; DNA circular; длина 122606 bp
NC_009049.gbk chromosome 1, complete sequence; DNA circular; длина 3147721 bp
NC_005050.gbk chromosome 2, complete sequence; DNA circular; длина 1219053 bp
Описание окружения гена белка YP_001041787.1 в геноме плазмиды pRSPH01
С помощью геномного браузера NCBI была получена информация о положении этого гена и его ближайших соседей с 5' и 3' концов в последовательности NC_009040.1, см. рисунок 1 ниже.
Рис.1 Изображение гена YP_001041787.1 и нескольких соседних с ним. Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
Идентификатор последовательности и координаты начала и конца генов:
CDS: YP_001041787.1 Location: complement(11,118..11,954)
CDS: YP_001041786.1 Location: 10,391..10,984
CDS: YP_001041788.1 Location: 12,156..12,881
Расстояние между YP_001041788.1 и YP_001041787.1: 133 bp
Расстояние между YP_001041787.1 и YP_001041786.1: 201 bp
Рамка считывания соседей относительно гена YP_001041787.1:
CDS: YP_001041788.1 -2
CDS: YP_001041786.1 -0
Обсуждение
Гены и оба его соседа не могут входить в один оперон поскольку кодируются не на одной цепи.
И с 3' и с 5' сторон первый же ген на комплементарной цепи.
Нельзя сказать, связаны ли эти гены функционально, поскольку ген, кодирующий CDS: YP_001041788.1 является hypothetical protein, то есть ничего не может быть сказано о его функциях, а ген, кодирующий CDS: YP_001041786.1, является methyltransferase type 11.