|
После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:
1. Запустить скрипт: 2. Продолжить исполнение скрипта:
Text of the script for 1st task Jmol output: |
Заключение о гидрофобном ядре в вашем белке и о наличии гидрофобных участков на поверхности белковой глобулы
Была взята А цепь белка. Имеется большое гидрофобное ядро, на поверхности белка нет больших гидрофобных участков.
Заключение о плотности упаковки атомов в белке - ответы на вопросы из пр. 2.
a) На 6.0 A - минимальном расстоянии от остатка расположены атомы, которые полностью покрывают его поверхность. b) Характерное расстояние между соседними атомами в белке - 3.0-4.0 А. c) На расстоянии 6.0 А вся поверхность остатка(MyResidue) уже покрыта. Молекула воды должна располагаться между атомом остатка и атомов из окружения. Следовательно, она должна помещаться в расстояние 5.0 А - (радиус атома из остатка + радиус атома из окружения). Даже если наш кислород окружен кислородо из остатка и кислородом из окружения, 5.0 - ( 1.4 + 1.4 ) = 2.2, что меньше диаметра кислорода. Следовательно, молекула воды не могла поместиться между соседними атомами.