После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task

Jmol output:

Комментарии о водородных связях между белком и РНК

Между белком и РНК 15 водородных связей. Мой белок - РНК-зависимая РНК полимераза. Водородные связи между белком и РНК нужны чтобы правильно происходил синтез комплементарной цепи РНК.

Заключение о подвижности разных частей белка

Подвижность петель в общем больше подвижности спиралей, а в аминокислотах подвижность CA атомов меньше чем хвостовых атомов остатков.