PSI-BLAST

Задание 1

Для последовательности вашего белка составьте семейство гомологов, пользуясь PSI-BLAST.

Поиск по базе Swissprot. E-value был выбран 0.005.Изначальное число находок - 240. Число находок на второй итерации - 240. Стабилизация произошла после второй итерации.

Последовательности найденных белков

Таблица итераций

Номер итерации	Положение находки	Max Score	Total score	Query cover	E-value	Ident	Accession
1	Первая	375	375	97%	2е-129	67%	Q0BTX5.1
1	Последняя из выбранных	103	103	94%	5е-24	32%	P39912.1
1	Первая из не выбранных	38.9	38.9	30%	0.042	27%	Q02931.1
2	Первая	500	500	90%	1е-178	47%	Q1l645.1
2	Последняя	255	255	94%	3е-81	32%	P39912.1

Для параметра E = 0.05 для второй итерации:

Номер итерации	Положение находки	Max Score	Total score	Query cover	E-value	Ident	Accession
2	Первая	492	492	98%	2e-175	47%	Q11645.1
2	Последняя	91.3	91.3	31%	3е-19	26%	P35170.2
2	Первая из не выбранных	40.9	40.9	83%	0.008	18%	P35170.2

Можно сделать вывод, что наблюдается четкая граница между выбранными и не выбранными последовательностми.Вероятно,находки составляют семейство гомологичных белков

Задание 2

Для поиска была взята за исходную последовательность P39912.1.При первой итерации добавилось 5 новых последовательностей, при этом все "старые" находились в списке. При второй итерации добавилось 23 новых последовательности, при этом все "старые" находились в списке.

Для первой итерации

Дл второй итерации

Задание 3

Постройте множественное выравнивание отобранных последовательностей при помощи программы muscle на сервере kodomo.

muscle -in seqdump.txt -out alignment_1.fasta

Задание 4

Постройте множественное выравнивание типичных представителей данного семейства.

Был использован JalView=> Edit => Remove redundancy с указанным процентом сходных аминокислотных остатков.Были взяты 20 последовательностей.(test_select_20.fasta) Для них было построено выравнивание с помощью muscle.(task_4_muscle)

Задание 5

Постройте множественное выравнивание тех же последовательностей при помощи программы mafft на сервере kodomo.

mafft test_select_20.fasta > pr12_mafft.fasta

(task_5_mafft)

Задание 6

Сравните выравнивания, полученные в п.п.4 и 5.

Используется программа muscle для построения выравнивания двух выравниваний.

muscle -profile -in1 test_select_20.fasta -in2 pr12_mafft.fasta -out pr12_compare.fasta

(task_6_compare_clustal_muscle)

В принципе основные блоки и кластеры в выравнивании с помощью muscle и mafft совпадают, при этом последовательность AROF_THEMA/1-338 сильно выбивается при выравнивании и с помощью muscle и с помощью mafft.

Задание 6

Алгоритм оптимизации (refimnent), реализованный в muscle действительно изменяет выравнивание, полученное программой ClustalW.(refined_task_6)

Файл jalview