Занятие 1

Отобранные бактерии

Название Мнемоника

Haemophilus influenzae HAEIN

Yersinia pestis YERPE

Salmonella typhimurium SALTY

Escherichia coli ECOLI

Neisseria meningitidis NEIMA

Burkholderia cenocepacia BURCA

Rhizobium etli RHIEC

Bradyrhizobium diazoefficiens BRADU

Скобочная форма дерева

((RHIEC,BRAJA),((NEIMA, BURCA),(HAEIN,(YEPRE,(SALTY,ECOLI)))))

Изображение дерева

Нетривиальные ветви дерева

Дерево содержит натривиальные ветви -

1. (SALTY, ECOLI) против всего остального
2. ((SALTY, ECOLI),YEPRE) против всего остального
3. (((SALTY, ECOLI),YEPRE), HAEIN) против всего остального
4. ((((SALTY, ECOLI),YEPRE), HAEIN), (NEIMA, BURCA)) против всего остального
5. (NEIMA, BURCA) против всего остального

Реконструкция филогении

В базе данных NCBI был дан запрос:

“Burkholderia cenocepacia”[All Names] OR “Rhizobium etli”[All Names] OR “Neisseria meningitidis”[All Names] OR “Escherichia coli”[All Names] OR “Salmonella typhimurium”[All Names] OR “Yersinia pestis”[All Names] OR “Haemophilus influenzae”[All Names] OR “Bradyrhizobium diazoefficiens”[All Names] Далее была получена таблица:

Можно видеть, что RHIEC и BRAJA - относятся к Rhizobiales.

NEIMA и BURCA - относятся к Betaproteobacteria.

YEPRE, SALTY, ECOLI - относятся к Enterobacteriaceae.

YEPRE, SALTY, ECOLI and HAEIN - относятся к Gammaproteobacteria.

Укоренение в среднюю точку

Сравнение изображения укоренённого дерева, сделанного программой MEGA, с "исходным"

Топология дерева не изменилась