С помощью AmiGO белок 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase из бактерии Rhodobacter sphaeroides был найден в базе данных GO.
Использовался поиск по последовательности белка YP_001041787.fasta.
Лучшая находка - 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase из Ruegeria pomeroyi DSS-3, p-value = 1.9e-90.
Как видно по выравниванию, белок другой.
Сходство белков, исходя из выравнивания, составляет 63% (идентичные позиции) и 74% (функционально консервативные позиции).
Score = 902 (322.6 bits), Expect = 1.9e-90, P = 1.9e-90 Identities = 172/269 (63%), Positives = 201/269 (74%)
Ссылка на выравнивание : alignment.txt
Идентификатор белка Uniprot: Q5LUV5
Для найденного белка были описаны термины GO.
Аспект<---->Идентификатор<---->GO<---->Название термина<---->
Код типа достоверности
biological process<---->GO:0019294<---->keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid<----> biosynthetic process<---->ISS
molecular function<---->GO:0008676<---->3-deoxy-8-phosphooctulonate<---->synthase activity<---->ISS
Код типа достоверности<---->Расшифровка кода типа достоверности<---->
Объяснение
ISS<---->Inferred from Sequence or structural Similarity<---->
Используется когда аннотация была сделана на основе анализа последовательности и проверена человеком (не сгенерирована автоматически).
См страницу http://geneontology.org/page/iss-inferred-sequence-or-structural-similarity
Описание термина GO:0008676 (3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity)
В таблице 3 представлено описание термина GO:0008676 (3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity).
Accession: GO:0008676
Name: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity
Ontology: Molecular Function
Synonyms:
exact: 2-dehydro-3-deoxy-D-octonate-8-phosphate D-arabinose-5-phosphate-lyase (pyruvate-phosphorylating) activity
exact: 2-dehydro-3-deoxy-phosphooctonate aldolase activity
exact: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase activity
exact: 2-keto-3-deoxy-8-phosphooctonic synthetase activity
exact: 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase activity
exact: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase activity
exact: 3-deoxy-D-mannooctulosonate-8-phosphate synthetase activity
exact: 3-deoxyoctulosonic 8-phosphate synthetase activity
exact: KDO-8-P synthase activity
exact: KDO-8-phosphate synthetase activity
exact: KDOP synthase activity
exact: phospho-2-keto-3-deoxyoctonate aldolase activity
exact: phosphoenolpyruvate:D-arabinose-5-phosphate C-(1-carboxyvinyl)transferase (phosphate-hydrolysing, 2-carboxy-2-oxoethyl-forming)
Definition: Catalysis of the reaction: D-arabinose 5-phosphate + H(2)O + phosphoenolpyruvate = 8-phospho-3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonate + 2 H(+) + phosphate.
Source: EC:2.5.1.55, RHEA:14056
Comment: Note that this function was formerly EC:4.1.2.16.
Subset: Prokaryotic GO subset
Ancestors of 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity (GO:0008676): 4(3)
This term has no children.
Рисунок 1. Схема отношений термина GO:0008676 со своими предками. Разными цветами отмечены стрелки, характеризующие разные отношения между терминами.
Черные стрелочки (Is a) означают, что второй термин является “подслучаем” первого термина. Синяя стрелка означает, что первый термин является “подслучаем” второго термина. Справа есть список стрелочек и список видов.
Расширенная версия совпадает с этой, поскольку потомков нет.