Трансмембранные белки

  1. a) Структуры пяти α-спиральных трансмембранных белков:
    3eff, 1zcd, 1uaz, 2i36, 1afo;

    Структуры пяти трансмембранных β-баррелей:
    1qd5, 1tly, 7ahl , 1a0s, 1nqe .

    Данные белки отличаются:
    1) По типу элементов вторичной структуры, которые интегрированы в мембрану.
    2) По количеству элементов в трансмембранной части (причем в случае бета-баррелей количество элементов в основном зависит от диаметра поры).
    3) По мембранным элементам (тип соединения).
    4) По пространственному располежению трансмембранной части относительно мембраны.


    б)Сравнение топологии трансмембранных частей двух белков, с α-спиральными трансмембранными участками и с трансмембранными β-баррелями:

    PDB код Число цепей Тип
    (спираль, баррель)    		 Число трансмембранных участков в цепи Число остатков в одном трансмембранном участке
    (типичное, минимальное, максимальное)    		 (*) Толщина мембраны в ангстремах
    (расстояние между атомами на границах трансмембранных участков перпендикулярно мембране
    3eff 4 спираль 12 20, 12, 24 31,8 ± 1,3 Å
    7ahl 7 баррель 14 7, 8 23,5 ± 0,9 Å


    Дан белок P78348 (ACCN2_HUMAN), аннотированный как трансмембранный.
    Из записи в Uniprot следует, что данный белок принадлежит к суперсемейству АСCN2, имеется 2 трансмембранных участка (длины - 23 и 26)


    С помощью программы предсказания трансмембранных спиралей по последовательности (сервис HMMTOP) получены следующие результаты: data


    Там , где указаны последовательности из букв h, миогут находиться спирали.

    2. Полученные данные в формате msf.

      Число а.к. остатков
    Всего а.к. остатков в последовательности 528
    Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего) 54
    Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP) 0
    Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP) 55
    Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN) 473
    Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN) 422
    Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) 0
    Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP)  0,895
    Точность(precision) = TP /(TP+FP) 0
    Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) 1
    Недопредсказание = FN / (TN+FN) 0,47


    Ни один трансмембранный участок, предсказанный с помощью сервиса HMMTOP, не совпал с трансмембранными участками гомологов.
      © Dzama Margarita, 2011