Программа MEME

1.

В наборе гомологов моего белка (NADE_BACSU) программой MEME было найдено 3 мотива. Все 3 мотива встречаются во всех последовательностях.

Номер мотива	P-VALUE для NADE_BACSU	Координаты	Длина	Относительная энтропия
1.	6.14e-53	129-179	50	178.5 bits
2.	2.06e-45	186-236	50	160.7 bits
3.	9.52e-44	60-110	50	156.9 bits

2.

Выравнивание последовательностей, полученное программой muscle. Найденные программой MEME мотивы: msf-файл;

Розовым цветом выделен 3 мотив, жёлтым - 1 мотив, синим - 2 мотив.



3.

Программой MAST был проведён поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) одного из доменов моего белка (NADE_BACSU), взятое из Pfam.

Полученный файл (гиперссылка) - mastout.html

1) 1 мотив нашёлся во всех белках, 2 мотив - в 8 (из 11), 3 мотив - в 2 (из 11).

2) Все мотивы нашлись в 2 белках (NADE_ECOLI и NADE_BACSU).

3) Выравнивание, взятое из Pfam, не совсем соответствует мотивам (на примере NADE_BACSU):

Для 1 мотива - 129-179 (Pfam) и 109-158

Для 2 мотива - 186-236 (Pfam) и 165-216

Для 3 мотива - 60-110 (Pfam) и 39-88



4.

MEME Suite достаточно удобный в использовании сервис: при введении набора гомологов моего белка выдаёт таблицу, в которой описывается количество найденных мотивов, их максимальная и минимальная длины, а также общие статистические данные о белках. Далее можно перейти по ссылке. Открывается страница, на которой представлены все мотивы по отдельности и вместе. Также присутствуют яркие иллюстрации (лого-изображения), по которым мы можем судить о консервативности позиции каждой аминокислоты. Причем, я обнаружила, что MEME сначала обычно находит наиболее статистически существенные мотивы. Статистическое значение мотива основано на его вероятности появления, его длине и числе возникновений. Возникновения мотива в наборе последовательностей показываются с блок-схемами, причём каждой последовательности соответствует одна диаграмма, показывая все возникновения мотива в той последовательности.

Пример лого-изображения (для первого мотива):



Соответственным цветом выделены аминокислоты для всех взятых последовательностей белков: