Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

Задание 1

Доменная структура белка NADE_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Положение в последовательности белка NADE_BACSU Клан
1. PF02540 NAD_synthase NAD synthase (EC:6.3.5.1) вовлечен в синтез NAD, который вызывается "стрессовыми" факторами, такими как высокая температура и ограничение глюкозы. 22–263 Клан PP-loop (CL0039), содержит 12 семейства, общее число доменов в клане - 31204. Семейство было первоначально идентифицировано как мотив последовательности аминокислот в четырех отличных группах ферментов, которые катализируют гидролиз фосфатной связи альфы - беты ATФ.

Задание 2

Представленность домена PF02540 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF02540
Эукариоты Зеленые растения 12
Грибы 57
Животные 48
Остальные эукариоты Alveolata - 17
Stramenopiles - 2
Euglenozoa - 5
Amoebozoa - 3
Choanoflagellida - 1
Diplomonadida - 1
Parabasalidea - 1
В общей сложности: 30
Бактерии 1490
Археи 79

Задание 3

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. PF02540 1

Задание 4

Примеры разных доменных перестроек

Домен PF02540 (NADE_BACSU) встречается практически у всех таксонов в связи с его функцией синтеза распространенного NAD (переносчик электронов и водородов). Возможно, что в зависимости от типа питания (автотрофное или гетеротрофное) наблюдается различный набор доменов. Скорее всего это связано с различными механизмами активации NAD-синтетазы в зависимости от концентрации глюкозы. Ниже я представила самые распространённые доменные организации для различных царств:

1)A9BCD4_PROM4, как представитель царства растения (фототрофный тип питания). Причём данная доменная организация встречается практически у всех белков растений, представленных здесь:

2)NADE1_BOVIN - представитель царства животные (гетеротрофный тип питания):

B2RRH9_MOUSE - представитель царства животные (гетеротрофный тип питания):

3)B8M3D6_TALSN - представитель царства грибы:

Q0CB30_ASPTN - представитель царства грибы:

4)NADE_BACWK - представитель царства бактерии:

Также для бактерий характерны доменные организации в точности как у грибов

Задание 5

Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена заданного белка в формате msf: seed.msf

Задание 6

Сравнение и описание мотивов в разных БД (для белка NADE_BACSU)



  • Самый короткий мотив - PTHR23090(PTHR23090) или PTHR23090:SF2(PTHR23090:SF2) - одинаковой длины. Они описаны в PANTHER Classification System. Тип распознающего правила - профиль.

  • Самый длинный мотив - Rossmann-like_a/b/a_fold (G3DSA:3.40.50.620). Он описан в CATH Protein Structure Classification. Тип распознающего правила - 3.40.50.620 (по CATH Code).

  • Структурные подписи интегрированы в InterPro:



  • Границы структурных доменов не отличаются от границ доменов Pfam:

    База данных № аминокислотных остатков
    Pfam 2 - 272
    CATH protein structure classification 2 - 272
    SCOP (Structural Classification of Proteins) 2 - 272
    ModBase 2 - 272


    © 2009-2010 Dzama Margarita