Были взяты с 143 по 162 а.о. в выравнивании.
Результаты выполнения упражнения представлены в таблице:
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | QLTDFNKGNVKARTRMIAQY | Найдена только моя последовательность | Нет |
| Сильный | [AEQD]-[QLK]-[QSTVI]-D-F-[VNI]-[HRK]-G-N-x-K-A-R-[ETA]-R-M-x-A-Q-Y | 66 | Да |
| Слабый | D-[FY]-[VLIMN]-[HRK]-G-N-x-[KR]-A-[KR]-[EQTA]-R-[VLIM] | 115 | Да |
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования казеин киназы II(Casein kinase II phosphorylation site) | паттерн | [ST] - x(2) - [DE] | неспецифична | 6 |
| PS00008 | MYRISTYL | Сайт N-миристоилирования(N-myristoylation site) | паттерн | G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} | неспецифична | 6 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования протеин киназы C(Protein kinase C phosphorylation site) | паттерн | [ST] - x - [RK] | неспецифична | 4 |
| PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимой протеин киназы(cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site) | паттерн | [RK](2) - x - [ST] | неспецифична | 1 |
В белке содержится четыре мотива, описанных в PROSITE. "Cпецифичных" мотивов — те, которые отвечают семействам белков - не оказалось, нашлись только "неспецифичные", часто встречающиеся мотивы.
Фосфорилирование — процесс присоединения к какому-либо субстрату остатков фосфорной кислоты. В живых клетках фосфорилирование — один из наиболее распространённых видов посттрансляционной модификации белка. Процессы фосфорилирования и дефосфорилирования катализируются особыми ферментами, выделяемыми в особый класс киназ, или иначе фосфотрансфераз.
N-миристоилирование – это ацилирование миристиновой кислотой (жирная кислота С13Н27COOH). При этом миристиновая кислота ковалентно прикрепляется к N-концевому остатку через амидную связь.