Главная страница
1. После выравнивания вирусных белков, называемых "малыми дельта-антигенами", посредством программы muscle, был получен файл с последовательностями. Выравнивание по консервативным позициям превышает 64%, из чего можно судить о гомологичности данных белков. При импортировании файла с последовательностями малых дельта-антигенов в формате fasta в GeneDoc число консервативных позиций составляло в некоторых случаях до 18%.
2. Выравнивание набора гомологов своего белка
Множественное выравнивание моего белка и найденных гомологов, удовлетворяющих условиям:
1) E-value сходства по данным выравниваниям - не более одной тысячной
2) выравнивания имеют процент идентичности не более 90
3) последовательности с процентами идентичности от 40 до 80
Гомологов моему белку в Swiss-Prot нашлось достаточно большое количество и они не удовлятворяли условию идентичности, поэтому я провела поиск, ограничивая выдачу различными таксонами бактерий. В структуре выравнивания имеются участки с повышенной долей консервативности, например, 50-56, 84-90, 113-118, 170-177, 184-192, 225-230, 249-256 и др. Также в данном выравнивании есть участки, не несущие никакого биологического смысла, например, концевые участки 1-9, 286-291, и несколько крупных фрагментов в середине, например, 119-131, 137-145 и др.