Поисковые системы

1. Сравнительная характеристика поисковых систем
a) MRS: При выборе участка цепи в поле Features в поле Sequence information выделяется нужная последовательность аминокислотных остатков. Так же отсутсвует цветная шкала с ссылками на определенные участки последовательности,описывающая структуру белка.
b) SRS: Наиболее полное и очень наглядное описание поля Features. При выборе определённого участка в цепи открывается окошко с дополнительной информацией об этом участке.
c) UniProt: Интересное представление вторичной структуры белка. При выборе участка (окрашенного в определённый цвет) также открывается окно, содержащее информацию о выбранном участке.

2. Программа taxonomy:
a) Названия таксонов, начинающихся на "gam"
gambusia
gammacoronavirus
gammaherpesvirinae
gammalipothrixvirus
gammapapillomavirus
gammaproteobacteria
gammaretrovirus
gammaridea
b) Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - gammaproteobacteria
c) Количество записей в банке SwissProt, описывающих белки из гамма-протеобактерий - 120605

Запросы

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
taxonomy - gammaproteobacteria all text - synthetase	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:synthetase])	7657 entries
taxonomy - gammaproteobacteria all text - NAD biosynthesis	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-AllText:NAD] & [swissprot-AllText:biosynthesis]) \| [swissprot-AllText:NAD biosynthesis]))	3731 entries
taxonomy - gammaproteobacteria all text - Catalyzes	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:Catalyzes])	24770 entries
taxonomy - gammaproteobacteria all text - deamido-NAD	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:deamido-NAD])	213 entries
taxonomy - gammaproteobacteria all text - Cofactor biosynthesis	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-AllText:Cofactor] & [swissprot-AllText:biosynthesis]) \| [swissprot-AllText:Cofactor biosynthesis]))	13272 entries

4.Найденные последовательности в fasta-формате(по первому запросу из таблицы):
sequences

5. Дополнительное задание
a) Статьи последних двух-трёх лет, в аннотациях которых упоминается мой белок.
Строка запроса:([medline-AllText:nadE*] & [medline-Year#2007:2010])
Количество найденных статей: 2524
b)Количество статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах: 9
Строка запроса:([medline-Authors:Neifakh,A.A.*] & [medline-Year#1970:1979])
Круг его интересов: миграция синтезируемой РНК,исследование ядрного аппарата, синтез рибосомальных белков, использование генетического маркера и др.