Электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели эксперементальными данными

1. Добываем электронную плотность для белка 1KQP .
С помощью следующих команд были загружены файл 1KQP.pdb и файл с электронной плотностью для белка 1KQP.omap

 
	load 1KQP.pdb
	load 1KQP.omap, 1kqp_map

2. Электронная плотность пептида 79-81 а.о. На изображении представлены плотности уровней о.5 и 1.0 синим и розовым цветом, соответственно.

3. Электронная плотность Leu79.

4. Электронная плотность Pro80

5. Электронная плотность His81

Видно, что электронная плотность все ближе располагается к молекуле при увеличении значения уровня электронной плотности. Однако, даже при уровне 0.5 поверхность не охватывает некоторые части аминокислотных остатков, где располагаются водороды. Совсем иная картина наблюдается, к примеру, вокруг кислородов. Соответственно, можно сделать вывод, что электронная плотность больше всего сосредоточена вокруг элктроотрицательных атомов.