2. Гомологи белка 1KQP в PDB.
Выберала гомологов, пользуясь BLAST против PDB (взяла разных гомологов).На сайте PDB:
- Advanced
- Запрос по последовательность с помощью BLAST
Таблица с информацией о полученной выборке (отметила нужные находки BLAST, Display/Download, Generate report: Castomizable table, запросила нужные поля и сохранила как xls):
3. Краткое описание белка.
a. Главный биологический результат статьи: Атомное разрешение структуры NAD+ синтетазы позволило определить количество неплоских групп пептидов в главной цепи, выявить низкое значение анизотропии атомов белка и субстрата, установить pH-независимую структуру активного центра со связанным интермедиатом и позиции атомов водорода фосфоэстеровой группы во время образования интермедиата. Неплоские пептидные группы и низкая анизотропия наблюдались и в других кристаллических структурах, но карбанионовый интермедиат является совершенно новой находкой, которая может обеспечить понимание механизма ферментативной реакции.b. Разрешение структуры: 1,03 ангстрем.
c. Метод решения фазовой проблемы: изоморфное замещение.
d. Количество измеренных структурных факторов и факторов, имеющих силу сигнала более 3.0 (число, процент): 790765 и 170606 (21,57%)
e. R-фактор и R-free фактор: 11.63 и 14.72.
f. Источники: статья, PDB файл, EDS.
g. Выравнивание последовательности белка (из Uniprot) и последовательности белка, представленного в PDB файле, с помощью JalView:
2 последовательности практически идентичны. Только в случае последовательности белка из Uniprot в начале присутствуют 2 дополнительные аминокислоты (MS), которых нет в последовательности белка, представленной в PDB файле.
© Dzama Margarita, 2012