Изучение протеомов при помощи EMBOSS и Uniprot.

Escherichia coli (strain K12):
Индентификатор протеома: UP000000625
Число послеводательностей:4306
Количество аминокислотных остатков:1356195


Flavobacterium psychrophilum (strain JIP02/86 / ATCC 49511)
Индентификатор протеома: UP000006394
Число послеводательностей:2421
Количество аминокислотных остатков:806156

Letters Frequency in Ecoli Frequency in Flavobacterium Summary Frequency % in Flavobacterium % in Ecoli Difference
U 3 0 3 0,0000 0,0002 0,0002
C 15706 6584 22290 0,8167 1,1581 0,3414
W 20765 7392 28157 0,9169 1,5311 0,6142
H 30741 13332 44073 1,6538 2,2667 0,6129
M 38245 17346 55591 2,1517 2,8200 0,6683
R 74740 24276 99016 3,0113 5,5110 2,4997
P 60030 25959 85989 3,2201 4,4264 1,2063
Q 60212 28125 88337 3,4888 4,4398 0,9510
Y 38586 32123 70709 3,9847 2,8452 1,1395
D 69862 40362 110224 5,0067 5,1513 0,1446
F 52776 43617 96393 5,4105 3,8915 1,5190
V 95922 47771 143693 5,9258 7,0729 1,1471
G 100014 48480 148494 6,0137 7,3746 1,3609
T 73216 49033 122249 6,0823 5,3986 0,6837
A 129029 50742 179771 6,2943 9,5140 3,2197
E 78146 51026 129172 6,3295 5,7622 0,5674
S 78690 51447 130137 6,3818 5,8023 0,5795
N 53506 55033 108539 6,8266 3,9453 2,8813
K 59757 69093 128850 8,5707 4,4062 4,1644
I 81510 70925 152435 8,7979 6,0102 2,7877
L 144739 73490 218229 9,1161 10,6724 1,5563

Вывод:

С помощью программы EMBOSS, а конкретно функций wordcount и compseq, мы вычислили процентное содержание аминокислотных остатков в протеомах Escherichia coli и Flavobacterium psychrophilum. Из таблицы №1 видно, что в обоих протеомах больше всего содержится лейцина(L). Однако, второе и третье место по частоте встречания у Flavobscterium занимают изолейцин(I) и лизин(K) соответсвенно. В то время как у Escherichia преимущественно встречаются треонин(T) и глицин(G). В целом же аминокислотный состав данных микроорганизмов довольно сильно различается. Вероятно это указывает на то, что у них синтезируются различные белки, выполняющие различные функции, либо же одинаковые белки синтезируются в разных соотношениях. Также можно заметить, что у Flavobacterium psychrophilum присутствует такая аминокислота, как селеноцистеин(U). Это производное цистеина с заменой атома серы на селен. Благодаря его содержанию белки, включающие в свой состав селеноцистеин, обладают каталитической активностью и могут являться ферментами.

Ссылки на источники:
https://en.wikipedia.org/wiki/Selenocysteine
Uniprot Escherichia coli
Uniprot Flavobacterium psychrophilum

Страница второго семестра.

© Гурылева Мария Вячеславовна 2016.