Алгоритмы множественного выравнивания.Pfam.
Задание №1: Множественное выравнивание.
Для выполнения этого задания было выбрано 4 гомологичные последовательности из предыдущего практикума: DNAK_BRUAB, DNAK_HALWD, DNAK_METAC, DNAK_MYCTU. Я использовала две программы выравниваний: Tcoffee и ClustalO.
Отличия:
1. Программа Tcoffee найдя, что последовательности начинаются с одинаковых аминокислотных остатков(M и A), выровняла их и поставила
гэпы в позициях 2 и 3, 6-9.
В то время как выравнивание ClustalO поставила гэпы в начале последовательностей, не выравнивая описанные выше а.о.
Таким образом первая прграмма выдала больше гэпов в начале последовательностей, поэтому все позиции дальнейших блоков в двух программах
отличаются на 2.
2.Во второй и третьей последовательности а.о. D и N(соответсвеннно) Tcoffee поставил на позицию 108 под а.о. D первой последовательности, т.к.
они функционально консервативны и имеют положительный вес в BLOSUM62.При этом в позиции 104-105 первой последовательности были вставлены гэпы.
Вторая программа - ClustalO, не вставила гэпы в последнюю последовательность, но при этом оставила а.о. D и N (второй и третьей последователньости
соответсвенно) на позиции 81 под а.о. Y (первой последовательности). Такое сочетание имеет отрицательный вес в матрице BLOSUM62.
3.Tcoffee вставила гэпы на позиции 116-117 после абсолютно консервативного столбца с а.о. G.
ClustalO вставила больше гэпов на позиции 110-113, при том они идут до абсолютно консервативного столбца с а.о. G.
Задание №2: Доменные структуры.
При помощи Pfam я нашла доменную структуру своего белка A6GZI2, встречается у вида Flavobacterium psychrophilum.
Triosephosphate isomerase является гликолитическим ферментом. Он катализирует обратимое превращение глицеральдегид-3-фосфата и дигидроксиацетонфосфата. TIM имеет важное значение для эффективного производства энергии[1]
На Рисунке 4 представлена доменная структура белка R6AH99, который встречается у грамположительных бактерий рода Clostridium. Она состоит из PGK(phosphoglycerate kinase) и идущим за ним доменом TIM(Triosephosphate isomerase).
Фосфоглицераткиназа является ферментом, который катализирует образование АТФ в АДФ и наоборот.
АТФ + 3-фосфо-D-глицерат = ADP + 3-фосфо-D-глицероилфосфат
Эта реакция необходима в большинстве клеток: в аэробах - для получения АТФ, для ферментации в анаэробах и для фиксации углерода в растениях.[2]
На Рисунке 5 представлена доменная структура белка W4H7W1, который встречается у возбудителей чумы раков, относящихся к роду Aphanomyces. Видно, что белок состоит из трех доменов, идущих последовательно : TIM(Triosephosphate isomerase), Gp_dh_N(Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase), Gp_dh_C(Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase).
Глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа играет важную роль в гликолизе и глюконеогенезе путем обратимой катализации окисления и фосфорилирования D-глицеральдегид-3-фосфата до 1,3-дифосфоглицерата. С-концевой домен, представляет собой смешанную альфа / антипараллельную бета-складку. N-концевой домен, представляет собой скрепляющую складку Rossmann NAD (P).[3]
