Анализ крупных перестроек геномов.
Первый геном: Salmonella enterica subsp. arizonae serovar 62:z4,z23: NC_010067.1
Второй геном: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2: NC_004631.1
Третий геном: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. P125109: NC_011294.1
Параметры сравнения 1(NC_010067.1) и 2(NC_004631.1) геномов:
Покрытие: 82%
E-value: 0.0
Идентичность: 94%
Входные параметры не изменялись.
Карта локального сходства 1 и 2 геномов:
Синие участки демонстрируют сходство двух геномов. Если бы перестроек не произошло, то эта синия линия так и шла бы по всей диагонали. Но в эволюции вида Сальмонелла энтерика произошло несколько крупных перестроек. В основном это инверсия с транслокацией. Так участки 1 и 4, 2 и 3, 5 и 6 были инвертированы и транслоцированы в одной хромосоме. Также здесь можно наблюдать дупликацию участка 8 во втором геноме. Крупные делеции и вставки отсутствуют, длины геномов практически одинаковы.
Параметры сравнения 1(NC_010067.1) и 3(NC_011294.1) геномов:
Покрытие: 83%
E-value: 0.0
Идентичность: 94%
Входные параметры не изменялись.
Карта локального сходства 1 и 3 геномов:
Здесь крупные геномные перестройки представлены: инверсией 3 участка, инверсией и транслокацией участков 1 и 4(они опменялись местами в геномах), инверсией 5ого участка.